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13GB。 NGS大数据集 NA24385-raw数据集为NGS流程测试数据集，作为该流程的原始输入。数据集总大小约 186.2GB。 NGS小数据集 NA12878-small数据集为NGS流程测试数据集，作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据
8”。 在新建的Notobook中，在代码输入栏输入如下命令。 !pip install Shapely 在Terminal中安装 例如，通过terminal在“TensorFlow-1.8”的环境中使用pip安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter
方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建，并执行成功，然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。 方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建，进而获取相应的配置文件。详细的操作请参见命令行工具。 使用switch命令进入NGS流程所在的项目。 例如，使用health
获取认证信息（AK/SK，区域名称，平台ID）。 步骤1：下载eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
数据库模板：使用资产市场订阅的流程时，模板已预置，无需选择数据库模板。 数据库名称：数据库的名称。 输出文件格式：可以将流程生成的分子对接结果，保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时，保存格式为.txt。 相对路径：流程运行完成后，会按照流程子任务的名称
参考表1，设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好，并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白
操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。流程通过流程设计器创建，创建好的流程将存储于“项目管理”页面“工具”页签中。在该页签中，以列表形式展示了项目中的流程。您可以新建流程、导入流程或上传流程，并查看流程详情、版本、创建者、修改和
您可以使用该工具创建应用，并进行修改、删除、查询、导入操作。 流程管理 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义，流程至少由一个应用组成。 您可以使用该工具创建流程，并进行修改、删除、查询、导入操作。对于由多个应用构成的流程，可通过设置不同应用的输入、输出关系搭建为流程。 作业管理 您可以使用
和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前，请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0
基于Nextflow官方提供first script，预期输出会打印Hello world的日志。 https://www.nextflow.io/docs/latest/getstarted.html#your-first-script #!/usr/bin/env nextflow
导出作业 使用export命令导出作业信息。 导出的作业信息会以zip文件格式保存到当前目录，zip文件中包含以下两个文件： jobDetails.zip：保存job的yaml文件 jobInfo.csv：保存job信息 命令结构 # 使用job-id导出作业 health export
医疗智能体平台的终端节点如表1所示，药物设计、临床研究的终端节点如表2所示，请您根据业务需要选择对应区域的终端节点。 表1 终端节点（医疗智能体平台API） 区域名称 区域 终端节点（Endpoint） 协议类型 华北-北京四 cn-north-4 eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
过管理控制台页面获取。请在生成后妥善保管。 获取区域名称 区域是一个地理区域的概念，由于带宽原因，会在多个地区建立数据中心，提供服务。 医疗智能体服务部署在华北-北京四，区域名称为cn-north-4；部署在华东-上海一，区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具
id。 --description -d 是 描述。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health update notebook xxxx --description update
过管理控制台页面获取。请在生成后妥善保管。 获取区域名称 区域是一个地理区域的概念，由于带宽原因，会在多个地区建立数据中心，提供服务。 医疗智能体服务部署在华北-北京四，区域名称为cn-north-4；部署在华东-上海一，区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具
过管理控制台页面获取。请在生成后妥善保管。 获取区域名称 区域是一个地理区域的概念，由于带宽原因，会在多个地区建立数据中心，提供服务。 医疗智能体服务部署在华北-北京四，区域名称为cn-north-4；部署在华东-上海一，区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具
默认1G；对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不填默
不填默认1C；对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 最小长度：0 最大长度：24 memory String 内存申请使用量，取值范围[0.1-3072]，单位G，支持一位小数。对于应用，不填默认1G；对于流程和作业，不填默认使
tool_id 是 String 作业依赖的组件id，组件当前仅支持流程，取值范围[1,135]，支持大小写字母和数字。目前支持两种格式，特殊id：{流程名称}::{流程版本}::{源项目名称}；正常id：流程id 最小长度：1 最大长度：135 tool_type 是 String
tool_id 是 String 作业依赖的组件id，组件当前仅支持流程，取值范围[1,135]，支持大小写字母和数字。目前支持两种格式，特殊id：{流程名称}::{流程版本}::{源项目名称}；正常id：流程id 最小长度：1 最大长度：135 tool_type 是 String
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