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命令行工具概述 医疗智能体命令行工具（eihealth-toolkit）是配套EIHealth平台，为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具，可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强：
任务目标goal_description，提供自然语言表述的生信任务目的 # 相关信息meta，可以提供额外信息给模型辅助完成任务，相关参数：GenomeAgent(use_meta=True)即可纳入meta信息给模型， 默认为False，不采用meta信息。 config_data = { # 必须，描述数据路径和数据含义
资产市场 资产管理 资产收藏管理 供应商管理 父主题： API（医疗智能体平台）
虚拟药物筛选 创建study 删除study 列举study所有作业 创建study作业 列举study 获取study作业的最值信息 获取生成study作业3D结构的内容 父主题： 项目管理
应用管理 应用管理 作业管理 自动作业管理 流程管理 流程统计管理 父主题： API（医疗智能体平台）
Nextflow引擎生命周期管理 Nextflow作业管理 Nextflow任务管理 Nextflow流程管理 父主题： API（医疗智能体平台）
分子优化作业管理 创建分子优化作业 查询分子优化作业详情 父主题： API（盘古辅助制药平台）
Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh 在第一个暂停中按“Enter”继续。 在第二个暂停中，将显示用户许可协议，按“Enter”阅读更多信息。 阅读完成后，输入“yes”，然后按“Enter”。 选择安装位置，按“Enter”。 安装完成后，输入“yes”。 初始化Anaconda配置并测试安装。
CSS集群管理 绑定CSS集群 获取CSS集群列表 获取最终租户CSS集群列表 测试CSS集群连接 CSS集群解绑 父主题： API（盘古辅助制药平台）
数据库管理 数据库简介 创建数据库模板 导入数据库模板 创建数据库 引用数据库 管理数据库 父主题： 用户指南（基因平台）
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
新建作业 Nextflow作业依托于流程运行，需要您先新建流程，再基于流程创建作业。 选择“作业>分析作业>Nextflow”，单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称：设置作业名称。名称长度为1-63，只允许出现中划线、字母和数字。 标签：设置作业标签。最多可以设置5个。 描述：作业描述。
real_charge_num Double 实际功能调用消耗次数。 progress Progress object 作业进度信息。 upstream_job_info String 上游作业信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time
流程管理 发布流程 导入流程 订阅流程 获取流程列表 创建流程 获取流程详情 更新流程 删除流程 父主题： 应用管理
系统标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置项目、应用、流程、作业分类，系统管理员可以在系统标签管理中添加、删除、批量删除标签。 图1 系统标签管理 添加标签 在“标签管理”页面，单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中，输入标签名称、标签描述。 标签名称长
String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 修改应用yaml模板。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。 修改yaml模板时，详细的命令和参数请参见应用配置文件说明。 # 详情说明可参考API文档中应用管理-创建应用 app:
通过“新建流程”时创建 在“工具”页面，单击“新建流程”，填写流程信息。请参考新建流程操作。 流程搭建完成后，单击“新建作业”。 图1 新建作业 在新建作业弹窗中单击“确定”。 图2 新建作业 在弹出的作业设置页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，选择需要执行的流程，设
享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户，才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 存在一个创建好的项目。 操作步骤 添加项目成员有两种不同的方法，请任选其中一种方法操作。
华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。 最小长度：1 最大长度：128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选
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