检测到您已登录华为云国际站账号,为了您更好的体验,建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
Nextflow引擎生命周期管理 Nextflow作业管理 Nextflow任务管理 Nextflow流程管理 父主题: API(医疗智能体平台)
数据归档配置 设置平台数据归档的区域。 在账号下面选择“系统设置”。 图1 选择系统设置 进入系统设置页面,设置数据归档配置区域。 图2 配置数据归档区域 父主题: 系统设置
任务目标goal_description,提供自然语言表述的生信任务目的 # 相关信息meta,可以提供额外信息给模型辅助完成任务,相关参数:GenomeAgent(use_meta=True)即可纳入meta信息给模型, 默认为False,不采用meta信息。 config_data = { # 必须,描述数据路径和数据含义
用户管理 作业清理配置 标签管理 消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题: API(医疗智能体平台)
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
个人资源配额 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在页面最下方可以查看个人资源配额。 图1 个人资源配额 个人资源配额设置方法 登录系统管理员账号,在平台右上角用户名中选择“用户管理”,进入用户管理页面。在用户名最右侧的操作列,单击“配额设置”。 图2 配额设置 在“配额设置”
作业消息设置 设置作业保留条数 您可以在系统设置中设置作业最多保留条数。超过设置的数值后,系统将自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置作业的最多保留条数。已完成作业保留数量最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有作业条数表示系统所有用户的作业总条数。
命令行工具概述 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强:
购买系统资源 医疗智能体平台购买完成后,单击“进入平台”,在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”。 您可以根据实际需求选择购买计算资源、性能加速、数据库。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。
自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改应用yaml模板。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见应用配置文件说明。 # 详情说明可参考API文档中应用管理-创建应用 app:
步骤4:使用AutoGenome 步骤1:订阅镜像 使用AutoGenome镜像前,需要您在资产市场中订阅该镜像。 登录医疗智能体,进入基因平台。 在“资产市场”中查找“autogenome”镜像。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该镜像。 订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。
管理流程 流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页
是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题: 盘古辅助制药平台
创建项目 您可以在“项目管理”页面创建一个新的项目。 在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45,以小写字母数字开头结尾,全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持
导入应用 导入应用是将隶属于其他项目的应用导入至本项目中,一次至多导入50个应用。 使用“导入应用”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入应用”,进入导入应用页面。 图1 导入应用 选择需要引用的项目以及项目中的应用,选择应用的版本。“
进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,获取的结合能信息均公开在“神农项目”中。 图1 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 图2 数据库模板 药物配体注释信息数据库 数据库呈现了“神农项目”中8500多种药物的注释信息。包含了药物在DrugBank数据库中的ID、药物通用名称、
资产管理 获取资产列表 获取属性值列表 查询资产详情 查询资产版本详情 更新资产指定版本的信息 删除资产指定版本 操作资产发布状态 父主题: 资产市场
以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏,并找到两个分子之间最佳的结合模式。由于分子对接考虑了受体结构的信息以及受体和药物分子之间的相互作用信息,因此从原理上讲,它比仅仅从配体结构出发的药物设计方法更加具有合理性。 Docking Summary流程由ligand
项目管理 收藏管理 镜像管理 标签页面管理 项目审计管理 虚拟药物筛选 父主题: API(医疗智能体平台)