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单击项目名称,进入项目管理页面,选择“数据”页签。 选择需要发布的数据或者文件夹,单击“操作”列的“更多>发布”。 图1 发布数据 在发布页面,填写发布数据的相关信息。 表1 发布数据参数说明 参数 说明 名称 发布数据的名称。名称长度必须为1-128个字符,只支持字母,数字,中划线和下划线。 展示名称
Nextflow引擎生命周期管理 Nextflow作业管理 Nextflow任务管理 Nextflow流程管理 父主题: API(医疗智能体平台)
系统设置 安全设置 商标设置 作业消息设置 消息中心 邮箱设置 系统标签管理 个人资源配额 数据归档配置 父主题: 用户指南(基因平台)
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
个人资源配额 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在页面最下方可以查看个人资源配额。 图1 个人资源配额 个人资源配额设置方法 登录系统管理员账号,在平台右上角用户名中选择“用户管理”,进入用户管理页面。在用户名最右侧的操作列,单击“配额设置”。 图2 配额设置 在“配额设置”
作业消息设置 设置作业保留条数 您可以在系统设置中设置作业最多保留条数。超过设置的数值后,系统将自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置作业的最多保留条数。已完成作业保留数量最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有作业条数表示系统所有用户的作业总条数。
资产市场简介 资产市场是在EIHealth平台的基础上构建的开发者生态社区,提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用,加速基因、药物、临床应用的开发与落地,保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、
yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改流程yaml模板。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台新建流程过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见流程配置文件说明。 # 详情说明可参考API文档中流程管理- 创建流程 workflow:
资产管理 获取资产列表 获取属性值列表 查询资产详情 查询资产版本详情 更新资产指定版本的信息 删除资产指定版本 操作资产发布状态 父主题: 资产市场
以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏,并找到两个分子之间最佳的结合模式。由于分子对接考虑了受体结构的信息以及受体和药物分子之间的相互作用信息,因此从原理上讲,它比仅仅从配体结构出发的药物设计方法更加具有合理性。 Docking Summary流程由ligand
创建项目 您可以在“项目管理”页面创建一个新的项目。 在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45,以小写字母数字开头结尾,全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持
命令行工具概述 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强:
在开始进行模型开发前,您需要创建Notebook,并打开Notebook进行编码。 在“项目管理 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 图1 创建Notebook 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称。名称长度1-63,仅支持小写字母、数字、中划
分子搜索作业管理 创建分子搜索作业 查询分子搜索作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
任务目标goal_description,提供自然语言表述的生信任务目的 # 相关信息meta,可以提供额外信息给模型辅助完成任务,相关参数:GenomeAgent(use_meta=True)即可纳入meta信息给模型, 默认为False,不采用meta信息。 config_data = { # 必须,描述数据路径和数据含义
进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,获取的结合能信息均公开在“神农项目”中。 图1 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 图2 数据库模板 药物配体注释信息数据库 数据库呈现了“神农项目”中8500多种药物的注释信息。包含了药物在DrugBank数据库中的ID、药物通用名称、
应用管理 应用管理 作业管理 自动作业管理 流程管理 流程统计管理 父主题: API(医疗智能体平台)
在云服务订单页面,单击“确认付款”。 购买成功后,可以在“套餐包”页面查看套餐包信息。 资源包到期后,按需资源不会自动关闭,将会以按需付费的方式继续使用。 超出套餐包部分的用量,将会按需收费。 若平台先到期,套餐包还没到期,则不退套餐包剩余的费用。如果平台续费成功后,套餐包可以继续使用。 资源包不能抵扣已经产生的用量。
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。同时,该研究成果以封面杂志发表在化学信息学领域国际顶级期刊《Journal of Chemical Information and Modeling》(化学信息与建模)2020年12月新冠特刊中。 论文链接:https://doi.org/10