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配体格式转换为SMILES 功能介绍 配体格式转换为SMILES，若配体文件中存在多个分子，则只取第一个返回。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/
目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序和表观遗传学等领域。
查看执行结果 作业运行完成后，可以在“作业中心”页面，单击作业名称，查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后，可以在作业中心页面，单击作业名称，查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息，可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图
查询分子搜索任务 功能介绍 通过分子搜索任务ID查询分子搜索任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/search/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id task_id
查询分子优化任务 功能介绍 通过分子优化任务ID查询分子优化任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/optimization/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目
获取数据库列表 功能介绍 获取数据库列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug/databases 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据，可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台，在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题： 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选
创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径
创建notebook 使用create命令创建notebook。 命令结构 health create notebook <notebook-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-name 无 是 notebook名称。 取值范围
获取归档数据 使用get命令查看归档列表或者下载归档的全部数据清单。 命令结构 health get archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 否
查询CPI任务 功能介绍 通过CPI任务ID查询CPI任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/cpi/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id task_id 是
使用AutoGenome镜像 AutoGenome是Notebook镜像，利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索，训练，评估，预测和解释的工具包。 使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示： 步骤1：订阅镜像 步骤2：创建Notebook
查询分子生成任务 功能介绍 通过分子生成任务ID查询分子生成任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/generation/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id
ADMET属性预测接口 功能介绍 计算小分子的物化性质，包括吸收(adsorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)、清除(excretion)与毒性(toxicity)。 URI POST /v1/{project_id}/admet 表1 路径参数
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候，部分URL中需要填入项目编号，所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下： 登录管理控制台。 单击用户名，在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
为什么下载的部分靶点文件，显示不完整 由于molstar插件自身问题，部分靶点文件中存在REMARK行，会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示： 分子优化靶点设置界面，受体展示正常。 但是下载该靶点文件后，使用通用工具Mol 3D Viewer
图2 添加或者删除待计算路径 图3 选择配体对 返回相似度后默认全勾选，您可以进行勾选或去除勾选要计算的路径，如果未勾选，则后面就不会对其进行FEP计算。在相似度返回之前，您也可以直接选择配体对进入下一步。 图4 选择计算路径 单击“下一步”，进入FEP设置页面，设置相关参数。
作业执行失败排查思路 作业执行失败，有如下场景： 场景1：作业投递后处于运行中，运行过程正常，但是最后超时失败。 场景2：作业投递后处于运行中，但是无日志打印，也没有任何符合预期的输出文件生成。 场景3：作业投递后显示运行成功，但是根据日志分析作业有报错，也未能正确输出相关信息。
分子对接 分子对接基于华为云大算力，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算对接结合能，实现百万级别虚拟筛选。 单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受体文件支持上传
创建应用 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 应用”页签，单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据，如果需要批量执行NGS分析，可以选取以下任意一种方式进行批量执行： 方式一：
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