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靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。
购买存储套餐包 存储资源支持用户购买套餐包。存储资源包不能退订,不能抵扣已经产生的用量。您可以单击右上角“查询详情”,查看套餐包的具体使用量。 在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”>“存储资源”。 在存储资源页面选择“套餐包”,单击“购买存储套餐包”。 图1 购买存储套餐包 填写套餐包的信息。
数据管理常用操作 复制数据 解除引用 下载数据 禁止/允许删除数据 删除数据 恢复数据 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。
数据管理常用操作 复制数据 下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令进行初始化配置。 health
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅地提高了测序速度,有力推动了相关研究。目前,NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息,该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
增量同步 使用sync命令让本地源路径下的所有内容和OBS指定目标对象进行数据同步,使两边内容保持一致。 增量:依次比较源文件和目标对象,只上传存在变化的源文件。 同步:命令执行完成后,保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集,即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象。
数据管理 创建文件夹 查询数据列表 获取桶存量信息 复制项目数据 导入项目数据 导入网上数据 引用项目数据 订阅资产市场数据 上传数据文件 批量删除项目数据 获取桶列表 查询项目级数据权限控制策略 设置项目级权限控制策略 获取数据详情 设置数据对象策略 发布数据资产 父主题: 数据管理
文件拷贝 使用cp命令将源路径中的文件拷贝到指定路径。同时,该命令支持拷贝其他项目中的数据。 命令结构 health cp <srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径,支持本项目和其他项目的路径。
移动对象 使用mv命令移动对象或批量移动对象。 命令结构 health mv <object> <object-dest> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 object 无 移动对象时必选 批量移动时可选 移动对象时的源对象名,或批量移动时源对象名前缀。
查询流程 使用get命令查询流程的详细信息,该命令同时可以用于获取流程模板。 命令结构 health get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有流程信息。 指定workflow-i
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务,快速实现基因组数据分析及AI建模,提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基
作业执行失败排查思路 作业执行失败,有如下场景: 场景1:作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败。 场景2:作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 场景3:作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
API概览 医疗智能体平台所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表1所示。 临床研究和药物设计所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表2所示。 表1 医疗智能体平台API 类型 API 说明 项目管理 项目管理 项目创建、获取项目详情、删除项目等相关操作API。
用户指南(盘古辅助制药) 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 收藏夹 相关参数
创建项目 您可以创建一个新的项目。 在平台左上角单击项目名称,选择“创建新项目”。 图1 创建新项目 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称。取值范围3~45个字符,包含数字、小写字母、下划线、中划线,且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后,不支持修改名称。
准备工作 购买服务 购买存储套餐包 购买系统资源 获取认证信息 父主题: 用户指南(基因平台)
API(医疗智能体平台) 项目管理 系统管理 数据管理 数据库管理 应用管理 资产市场 notebook开发环境 Nextflow接口