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(true:允许项目数据加密操作,false:不允许加密操作,默认为false) data_share Boolean 项目级分享策略(true:允许项目数据拷贝/引用操作,false:不允许拷贝/引用操作,默认为true) 请求示例 查询项目级数据权限控制策略 https://eihealth.cn-north
优化软件算法,如使用内存做缓存等,降低软件的IO需求。 针对特定的项目,对带宽或IO性能进行扩容。 提交工单或联系服务技术支持。 父主题: 流程、作业
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型,以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如,GATK是基于X86指令集开发的生信软件,使用CentOS的X86系统创建GATK镜像,则在创建应用时选择“X86”。
应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用,并进行修改、删除、查询、导入操作。 流程管理 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义,流程至少由一个应用组成。
安装新软件包。 查看pandas是否安装。如下表示 pandas未安装。 返回Terminal,切换到相应的环境“py37”,然后安装pandas。
使用合规数据 您添加的数据属于您的内容,您应对您的内容的合法合规性负责,建议您根据对您可适用的法律法规,进行相应的脱敏、匿名、加密或其他符合要求的处理或采取相应保护措施,当您在复制或者引用数据的时候,需审视是否存在隐私数据,请谨慎操作。
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参数 参数 参数类型 描述 dev_user_pool Boolean notebook是否使用专属资源池 has_dev Boolean 是否集成开发环境 has_drug Boolean 是否部署药物虚拟筛选 has_encryption_button Boolean 是否显示加密按钮
SPONGE(Simulation Package tOward Next GEneration)是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎,可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
SPONGE(Simulation Package tOward Next GEneration)是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。
code String 规格编号 最大长度:64 name String 规格名称 最大长度:64 表7 DatabaseDiskDto 参数 参数类型 描述 type String 磁盘类型 space Integer 磁盘大小,单位GB encrypt Boolean 是否加密
如何将生物信息学软件封装为镜像?
基础镜像中的PyPi Mirror,默认配置为华为云软件开发云的PyPi mirror。您可以在容器中执行如下命令,查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror,可将命令中的index-url参数修改为您需要的PyPi mirror。
选择“数据库规格”、“性能规格”、“磁盘加密”、“计费模式”、“购买时长”、“购买数量”。 图13 购买数据库 数据库规格:选择“标准版”。 性能规格:根据您的需求选择规格。 磁盘加密:选择加密后会提高数据安全性,但对数据库读写性能有少量影响,请按照您的使用策略进行选择。
RNA-Seq测试数据及参考基因组数据集 RNA-Seq-Dataset数据集包含RNA-Seq分析流程的测试数据(fastq)和流程包含软件STAR依赖的参考基因组。
配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
环境配置:加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件:通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练:针对提供的数据和模型参数,AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。
下载bwa和samtools软件。