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查询分子或分子复合物批量下载任务详情 功能介绍 查询分子或分子复合物批量下载任务详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/batch-download/{task_id}
用户管理 用户管理介绍 创建子用户 导入用户 登录平台方式 管理用户 父主题: 用户指南(基因平台)
系统标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置项目、应用、流程、作业分类,系统管理员可以在系统标签管理中添加、删除、批量删除标签。 图1 系统标签管理 添加标签 在“标签管理”页面,单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中,输入标签名称、标签描述。 标签名称长
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。
本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。
文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎,可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
消息中心 消息中心用于所有用户的异步任务场景下的事件处理通知和系统通知,如项目删除、数据删除、数据导入、流程执行完成等,给予状态通知。 单击平台右上角图标,在弹出的“消息中心”中查看异步任务的操作记录和系统通知。 系统通知 在系统通知页签,可以查看系统通知的内容、时间。单击某个消
查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后,可以在作业中心页面,单击作业名称,查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息,可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图 输出结果除了支持上图所示的列表视图外,还支持卡片式图和3D视图。
前python进程工作目录下能访问;以及提供自然语言表述的数据含义。 # 任务目标goal_description,提供自然语言表述的生信任务目的 # 相关信息meta,可以提供额外信息给模型辅助完成任务,相关参数:GenomeAgent(use_meta=True)即可纳入meta信息给模型,
获取作业列表 启动作业 获取作业详情 删除作业 更新作业 获取作业事件 获取作业日志 获取子任务启动事件 获取子任务实例信息 获取子任务中实例的事件 获取子任务中实例的pod信息 获取子任务中实例的资源监控数据 重试作业 取消或强制停止作业调度 批量取消作业 批量重试作业 批量删除作业
查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务,您可以在“消息中心”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“作业 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型、创建者、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。
每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员账号有系统资源,系统配置等操作,具体说明请参见用户管理。
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal
Nextflow接口 Nextflow引擎生命周期管理 Nextflow作业管理 Nextflow任务管理 Nextflow流程管理 父主题: API(医疗智能体平台)
Nextflow作业管理命令 启动作业 查询作业 删除指定作业 重试作业 停止作业 获取任务信息
删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步 删除分段上传任务 修改权限 查看对象属性
EIHealth作业管理命令 作业配置文件说明 启动作业 查询作业详情 删除指定作业 重试作业 取消作业 导出作业 获取任务实例
EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用,并将其编排调度,形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。 图1 使用流程 服务声明 医疗智能体服务