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导入镜像 使用import命令从源项目导入镜像到当前项目。 只支持导入私有镜像，导入镜像和订阅的镜像不支持再次导入到别的项目。 命令结构 health docker import <project-name/image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
查询镜像 使用health docker images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息，支持模糊查找。 --type -t
用户指南（基因平台） 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境（Notebook） 大规模药物虚拟筛选
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题： 用户指南（基因平台）
删除镜像标签 使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除，即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系，即只删除数据库记录。 命令结构 health docker
删除系统标签 删除或批量删除系统标签库。 命令结构 health delete label [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 list -l 否 删除的标签id列表，json数组格式。 命令示例 health delete label -l "[\"1001\"
创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径，可以是zip或nf文件。
定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4
修改流程 功能描述 修改指定workflow内容（名称不支持修改）。 命令结构 health nextflow edit workflow ID [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程id。 --workflow -w 否 本地work
删除流程 功能描述 删除指定workflow。 命令结构 health nextflow delete workflow ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 模板id 命令示例 health nextflow delete workflow 550
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
添加系统标签 添加系统标签库。 命令结构 health create label [name] [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 不涉及 是 标签名。 description -d 否 标签描述。 命令示例 health create label
更新项目 使用update或edit命令更新项目描述信息、标签或状态。 命令结构 health update project <project-name> [flags] 或 health edit project <project-name> [flags] 表1 参数说明 参数
查看对象属性 查看对象属性。 命令格式 health stat <obj> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 obj 不涉及 是 查看的文件、文件夹对象。 注意： 如果为引用数据，必须要使用绝对路径（文件夹最后要加/）。未引用的数据不能查看。 --bf -b
购买计算资源 按需方式购买计算资源。 命令结构 health create compute-resources [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --code -s 是 计算节点规格。 --data-disk-spec-code -d 否 额外数据盘规格。
查询作业 功能描述 查询指定job详情。 命令结构 health nextflow get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id，不指定job-id时，列出当前project的全部job的基本信息。 --type
fastqc 对测序得到的fastq数据进行质控。 trimmomatic 使用trimmomatic工具去掉测序接头，得到去接头后fastq格式的reads。 star 使用STAR比对工具将去接头后的reads比对到参考基因组，得到bam文件和多种格式的统计报告。 使用RNA-Seq流程的详细步骤如下所示：
修改权限 修改目录、文件权限。 命令结构 health chattri [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --path -p 附加参数，可选。 修改权限的目录或文件绝对路径。 --delete-policy -d 附加参数，可选。 设置目录或文件是否允许删除。取值包括：allow、deny。
停止作业 功能描述 停止作业。 命令结构 health nextflow stop job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业id 命令示例 health nextflow stop job f17a354
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