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盘古辅助制药平台仅在“华东-上海一”支持。 不同区域云服务产品之间内网互不相通;请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台支持两种类型的用户管理,可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 EIHealth平台用户管理类型 类型
平台ID与“命令行工具 > 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 平台ID 父主题: 准备工作
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务,快速实现基因组数据分析及AI建模,提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
yterLab页面。 图1 进入JupyterLab 进入JupyterLab页面后,自动打开Launcher页面,如下图所示。您可以使用开源支持的所有功能,详细操作指导可参见JupyterLab官网文档。 图2 JupyterLab主页 新建并打开Notebook 进入Jupy
出项目。操作员可以退出项目。 删除项目后数据、作业会同步删除,删除项目不可逆,请谨慎操作。 成员管理 在成员管理页面可以添加或者移除访问该项目的成员。 图3 成员管理 数据审计 平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的读操作和写操作(
获取当前系统配额及资源使用情况 功能介绍 获取当前系统配额及资源使用情况 URI GET /v1/{project_id}/quotas 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
trace配置,医疗智能体(EIHealth)平台会默认开启并且指定相关路径,会覆盖用户侧配置,可以在作业详情页面查询和下载相关信息。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html 对于pod配置,暂不支持用户侧设置。若用户侧设
息提醒。 管理员 消息保留即将达到配额提醒 当前消息保留条数达到了配额的90%后,系统会消息提醒。 管理员 待删除项目提醒 待删除项目在删除前的3天,1天,系统会消息提醒。 项目内所有成员 平台即将升级通知 平台即将升级至X.X.X版本。 所有人 平台已升级通知 平台已升级至X.X
Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题: 用户指南(基因平台)
系统设置 安全设置 商标设置 作业消息设置 消息中心 邮箱设置 系统标签管理 个人资源配额 数据归档配置 父主题: 用户指南(基因平台)
设置消息保留条数 您可以在系统设置中设置消息最多保留条数。超过设置的数值后,系统将按照先后顺序自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置消息的保留条数。设置消息保留期功能只有管理员用户可进行操作。 消息通知最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有消息条数表示系统所有用户的消息总条数。
配额说明 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题: 盘古辅助制药平台
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 使用AutoGenome镜像 genomeagent镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
Nextflow接口 Nextflow引擎生命周期管理 Nextflow作业管理 Nextflow任务管理 Nextflow流程管理 父主题: API(医疗智能体平台)
资产市场 资产管理 资产收藏管理 供应商管理 父主题: API(医疗智能体平台)
lth”。 图3 购买EIHealth平台 根据实际需求选择计费方式。 图4 选择计费方式 区域:请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。不同区域云服务产品之间内网互不相通。 平台规格:选择“基因平台”或“药物平台”。 平台计费方式:选择“包年包月”或“按需”计费。
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订阅该镜像。 登录医疗智能体,进入基因平台。 在“资产市场”中查找“autogenome”镜像。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该镜像。 订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。 步骤2:创建Notebook 在“项目管理 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表