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MMPS, GROMACS。同时HPC常用的调度软件也对断点续算有集成支持,如PBS、Slurm与LSF等。 本节以LAMMPS为例,介绍如何在HPC进行断点续算。 步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令,安装FFTW软件。 yum install gcc-gfortran gcc-c++
方法一:购买高性能计算解决方案 操作场景 购买高性能计算解决方案可以在购买时同时指定管理节点配置与计算节点配置。本节操作介绍购买高性能解决方案的操作步骤。 购买须知 第一次使用公有云服务时,系统将自动为您创建一个虚拟私有云,包括安全组、网卡。同时,用户可根据需要自行创建一个虚拟私
如果您已申请专属云,并希望将裸金属服务器部署在专属云中,则单击“在专属云中发放裸金属服务器”。 确认“当前区域”。 如果所在区域不正确,请单击页面左上角的进行切换。 选择“可用分区”。 可用分区指在同一地域下,电力、网络隔离的物理区域,可用分区之间内网互通,不同可用分区之间物理隔离。如果您需要提高应
操作场景 如果用户需要使用已有的ECS节点资源构建HPC集群,可以使用该功能进行集群的部署。下面介绍如何使用已有节点部署HPC集群。 使用已有节点部署集群,首先选择管理节点,再选择计算节点,切换计算节点与管理节点需要有相同的CPU架构,需要在相同的虚拟私有云、安全组,且使用同一个镜像主版本。
制作私有镜像 操作场景 对于已完成HPC配置的弹性云服务器,您可以将其作为模板制作私有镜像,便于快速创建集群。该任务指导用户怎样将Linux弹性云服务器转化为私有镜像,包括管理控制台方式和基于HTTPS请求的API(Application programming interface)方式。
内存参与的条件下,RDMA请求从用户空间发送到本地网卡并通过网络发送给远程网卡,这就减少了在处理网络传输流时内核内存空间与用户空间之间环境切换的次数。 没有CPU参与:应用程序可以访问远程内存,而不占用远程机器中的任何CPU。远程存储器将被读取,无需任何干预的远程进程(或处理器)
图1 我的配额 您可以在“服务配额”页面,查看各项资源的总配额及使用情况。 如果当前配额不能满足业务要求,请参考后续操作,申请扩大配额。 如何申请扩大配额? 登录管理控制台。 在页面右上角,选择“资源 > 我的配额”。 系统进入“服务配额”页面。 图2 我的配额 单击“申请扩大配额”。
创建HPC私有镜像 前提条件 创建镜像需选择ECS系统盘镜像。 需修改镜像属性才能在ECS创建界面的C6h规格中选择到相应的镜像。 镜像获取 请联系技术支持进行操作。 创建系统盘镜像 请使用镜像文件创建系统盘镜像,需注意镜像用途选择ECS系统盘镜像如图1,选择启动方式为UEFI图2,否则系统无法启动。
创建支持IB网卡的弹性云服务器 操作场景 您可以在几分钟之内快速获得基于公有云平台的弹性云服务器设施,并且这些设施是弹性的,可以根据需求伸缩。该任务指导用户如何创建支持IB网卡的弹性云服务器,包括管理控制台方式和基于HTTPS请求的API(Application programming interface)方式。
只有状态为“运行中”的节点可进行重启操作。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“节点管理”。 在“节点管理”页面集群的下拉框切换到要进行节点操作的集群。 选择要进行停止操作的节点,单击操作中“更多 > 重启”。 单击“确定”。 提交成功后,返回到节点管理页面,待操作完成,节点状态变为“运行中”。
HPCX_HOME=$PWD 安装IBM Spectrum MPI。 将1中下载的MPI软件包上传至运行MPI的弹性云服务器内。 执行以下命令,切换至root用户。 $ sudo su - 执行以下命令,设置环境变量。 如果选择自动接受IBM Spectrum MPI安装许可协议,执行以下命令:
息。 操作步骤 前提条件:用户集群的节点列表不为空。 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“节点管理”。 在“节点管理”页上方的集群下拉框切换到要查看的集群,查看该集群的节点列表。 单击节点名称,跳转至对应的ECS列表页即可查看节点详细信息。 父主题: 查看HPC集群
前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 检查是否已安装IB驱动。 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 执行以下命令,切换为root 用户。 $ sudo su 执行以下命令,防止系统超时退出。 # TMOUT=0 执行以下命令,查询是否已安装IB驱动。 # rpm
该任务指导用户在BMS集群上进行相关设置,并使其可以相互免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo su。 前提条件 已成功创建BMS,并绑定了弹性IP进行登录。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录集群中任意一台BMS。
用户手动删除清理,否则会继续扣费。 单节点删除操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“节点管理”; 在“节点管理”页面集群的下拉框切换到要进行节点操作的集群。 选择要进行删除操作的节点,单击操作列“删除”。 按需类型节点删除 选择是否删除云服务器,如勾选,连同云服务器一同
STAR-CCM+部署HPC集群流程图 本文档介绍如何通过仿真软件STAR-CCM+部署HPC集群,流程如图1所示。 图1 基于STAR-CCM+部署HPC集群流程图 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
只有状态为“运行中”的节点可执行停止操作。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“节点管理”。 在“节点管理”页面集群的下拉框切换到要进行节点操作的集群。 选择要进行停止操作的节点,单击后方操作中“更多 > 停止”。 单击“确定”。 提交成功后,返回到节点管理页面,等待操作完成节点状态变为“停止”。
节点。 状态为“停止”的节点可进行启动操作。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“节点管理”。 在“节点管理”页面集群的下拉框切换到要进行节点操作的集群。 选择要启动的节点,单击操作中“更多 > 启动”。 单击“确定”。 提交成功后,返回到节点管理页面,待操作完成节点状态变为“运行中”。
务器的情况下配置ECS集群互相免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo su。 前提条件 已成功创建ECS集群,并绑定了弹性IP进行登录。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录集群中任意一台ECS。
该任务指导用户在单个弹性云服务器内执行相关配置,使其可以免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo su。 前提条件 已成功创建弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录集群中任意一台ECS。