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如何将生物信息学软件封装为镜像并上传 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后
推荐扫码认证(即时完成认证) 请参见如何进行扫码认证。 银行卡认证(即时完成认证) 请参见如何进行银行卡认证。 证件认证(1-3个工作日) 请参见如何进行证件认证。 企业账号 推荐银行对公账户认证(最快30分钟) 请参见如何进行企业银行对公账户打款认证。 企业证件认证(0-3个工作日) 请参见如何进行企业证件认证。
如何获取AK/SK AK/SK(Access Key ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 操作步骤
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华东-上海一”。 图1 切换区域 在API栏选择需要使用的服务,单击操作列的“开通服务”。 服务开通成功后,开通状态为“已开通”。 “开通服务”按钮置灰,说明您尚未认证,请先实名认证。 开通医学影像API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华南-广州”。
获取医疗平台信息 功能介绍 获取医疗平台信息 URI GET /v1/{project_id}/system/overview 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
images查看制作完成的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像 如果后续镜像经常变更(例如某个软件更新版本),建议使用Dockerfile方式制作镜像。如果采用快照方式制作镜像,则每次变更都需要执行操作命令,制作过程较为繁琐。 Dockerfile方式制作镜像是将快照制作的
本节介绍REST API请求的组成,并以调用IAM服务的获取用户Token接口来说明如何调用API,该API获取用户的Token,Token可以用于调用其他API时鉴权。 您还可以通过这个视频教程了解如何构造请求调用API:https://bbs.huaweicloud.com/videos/102987
行签名。详细的签名方法和SDK使用方法请参见API签名指南。 签名SDK只提供签名功能,与服务提供的SDK不同,使用时请注意。 父主题: 如何调用API
如何将Notebook中的数据下载至本地 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
获取系统配额信息 使用get命令获取系统配额信息。 命令结构 health get quota [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get quota
"error_code": "AS.0001" } 其中,error_code表示错误码,error_msg表示错误描述信息。 父主题: 如何调用API
如何调用API 开通服务 构造请求 认证鉴权 返回结果
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
cd . 切换到上一级路径。 health cd .. 切换到指定的路径,如切换到src1。 health cd /src1 回到本项目根路径。 health cd / 回到本项目下DataSet路径。 health cd gene-assent:/DataSet/ 切换到引用数据
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal
切换项目 使用switch命令切换到指定的项目中。 使用该命令前,您需要先创建项目,再使用switch命令进入该项目。 命令结构 health switch project <project-name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 是
您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Notebook(在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open Babel),详细步骤如下所示: 步骤1:安装容器引擎 步骤2:获取Notebook基础镜像
-i %%a echo/ ) pause 图2 批处理文件说明 如果执行NGS批量任务时需要变更不同的原始数据、参考基因序列、测序平台、文件前缀等,请参考上述批处理文件示例,将需要变更的数据补充完整。 .bat批处理文件需要和命令行工具放在同一路径下,同时,命令行工具需为登录状态。