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success Boolean 相似度计算是否成功。 similarity Float 配体对之间的相似度。 最小值:0 最大值:1 reason String 相似度计算失败的理由。 最小长度:1 最大长度:512 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 查询配体相似性图计算任务成功响应。
false } ] } 响应示例 状态码: 201 配体相似度图任务创建成功响应。 { "id" : "c05ebc2029c24699af2354f67391604c" } 状态码 状态码 描述 201 配体相似度图任务创建成功响应。 错误码 请参见错误码。 父主题: 药物通用接口
删除配体相似性图计算任务 功能介绍 删除配体相似性图计算任务。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id}
输入小分子。最终以SMILES为准。 选择算法:可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tanimoto相似度是通过ECFP4指纹计算Tanimoto相似度来搜索相似度比较高的小分子。骨架搜索是通过设置分子骨架搜索具有相同骨架的分子。 选择数据库:最多可选择10个数据库。
测试CSS集群连接 功能介绍 测试CSS集群连接。 URI POST /v1/{project_id}/drug/css-clusters/connection 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
邮箱连通性测试 功能介绍 邮箱连通性测试 URI POST /v1/{project_id}/messages/email-connection-test 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
最大长度:1024 scaffold 否 String 分子骨架表达式。 最小长度:1 最大长度:1024 top_n 否 Integer 最相似的top_n个。 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 databases 否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。
路径上的,删除该条待计算路径。 图2 添加或者删除待计算路径 图3 选择配体对 返回相似度后默认全勾选,您可以进行勾选或去除勾选要计算的路径,如果未勾选,则后面就不会对其进行FEP计算。在相似度返回之前,您也可以直接选择配体对进入下一步。 图4 选择计算路径 单击“下一步”,进入FEP设置页面,设置相关参数。
生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务 删除配体相似性图计算任务 根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容 根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容
的分子数过少,建议可以适当放宽强约束的条件设置,比如相似度可以放宽到0.3~1.0。如果分子较易优化,优化后的分子相似度较高,新颖性较低,建议可以适当收紧强约束的条件设置,比如相似度可以收紧到0.3~0.7等等,正常情况下相似度设置按照默认即可。 弱约束:优化后的小分子不必要满足
smiles String 分子SMILES表达式 source String 分子所属的数据库来源 score Float 分子与查询分子的相似度 props Array of objects 分子ADMET属性值列表 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 分子搜索任务查询成功响应
式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
里面进行设置。“最小化”指的是所设置的属性越小越好,与最大化相反,也是只能在弱约束里面进行设置。 相似度分数,是利用ECFP4分子指纹计算生成后分子与原始分子的Tanimoto相似性。我们设置了禁止优化列表,禁止以高毒性为优化目标的属性优化,列表为:hERG Blockers,H-HT,DILI,AMES,Skin
NA24385-raw数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 186.2GB。 NGS小数据集 NA12878-small数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据 配体文件:小分子化合物SMILES结构式文件。
complexity score,合成复杂度分数。 Fsp3: 碳饱和度,旨在评估分子的空间结构复杂度。 结果解释:大于等于0.42为最佳。 NPscore: The Natural Product-likeness score,天然产物的相似度评分。 结果解释:最佳在-5~5之间,分数越高代表越接近天然产物。
语言:选择中文或英文。 删除邮箱后,将不再发送邮件通知。 图1 邮件配置 邮箱配置完成后,单击“测试”,验证配置是否有误。配置成功后将在邮箱中收到测试通知。 图2 邮箱测试通知 收到邮箱测试通知后,单击“更新”,完成邮箱设置。 设置邮箱接收消息范围 在平台右上角用户名中选择“个人设置
分子SMILES表达式 props Array of objects 分子ADMET属性值列表 similarity Number 分子与初始分子的相似度 num_fulfilled_weak_constraints Integer 分子所满足的弱约束数量 score Number 分子的打分
Score:代表小分子可合成性的综合打分。 Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能。 Similarity:靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度。 QED:代表分子的成药性。 图4 查看运行结果(1) 图5 查看运行结果(2) 图6 查看运行结果(3) 图7 查看分子详情 图8 查看作业信息
CSS集群管理 绑定CSS集群 获取CSS集群列表 获取最终租户CSS集群列表 测试CSS集群连接 CSS集群解绑 父主题: API(盘古辅助制药平台)
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