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受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋，检测类型基于配体，基于氨基酸残基，自动检测，自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
false } ] } 响应示例 状态码： 201 配体相似度图任务创建成功响应。 { "id" : "c05ebc2029c24699af2354f67391604c" } 状态码 状态码 描述 201 配体相似度图任务创建成功响应。 错误码 请参见错误码。 父主题： 药物通用接口
最小长度：1 最大长度：32 数组长度：2 - 2 success Boolean 相似度计算是否成功。 similarity Float 配体对之间的相似度。 最小值：0 最大值：1 reason String 相似度计算失败的理由。 最小长度：1 最大长度：512 请求示例 无 响应示例
"data" : "xxxxxxx" } } 响应示例 状态码： 200 口袋检测成功响应。 { "result" : 0.9 } 状态码 状态码 描述 200 口袋检测成功响应。 错误码 请参见错误码。 父主题： 药物通用接口
Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。 基因组变异检测质控 通过VariantQC对vcf进行质量控制，输出变异数目，变异类型统计等指标。
health upload D:\local\data\xxx.R1.fastq.gz /input-data/ 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
输入小分子。最终以SMILES为准。 选择算法：可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tanimoto相似度是通过ECFP4指纹计算Tanimoto相似度来搜索相似度比较高的小分子。骨架搜索是通过设置分子骨架搜索具有相同骨架的分子。 选择数据库：最多可选择10个数据库。
以提高并行运行效率，镜像制作方法请参见制作gatk-haplotypecaller镜像。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 gatk-mergevcfs:4.1.9.0 docker pull broadinstitute/gatk:4.1.9.0
搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮，保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
路径上的，删除该条待计算路径。 图2 添加或者删除待计算路径 图3 选择配体对 返回相似度后默认全勾选，您可以进行勾选或去除勾选要计算的路径，如果未勾选，则后面就不会对其进行FEP计算。在相似度返回之前，您也可以直接选择配体对进入下一步。 图4 选择计算路径 单击“下一步”，进入FEP设置页面，设置相关参数。
参数名称：html-file 数据类型：File 必传：是 默认值：/gatk4-VariantQC.html 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
memory: 10G gpu_type: '' gpu: '0' ... 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务
discvrseq-variantqc 输入参数 ref-file file 参考基因组序列。 variants-file file 变异检测软件（gatk4）生成的变异文件（vcf file）。 输出参数 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file
NA二代测序原始数据，具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析等功能，实现了对样本中可能存在的包括新型冠状病毒在内的各种病毒的快速检测，并在线分析各种病毒的相对载量。 抗病毒药物研发 计算机辅助药物筛选根据病毒靶点和小分子药物的3D结构，计算病毒蛋白与药物之间的结合能量，实现
smiles String 分子SMILES表达式 source String 分子所属的数据库来源 score Float 分子与查询分子的相似度 props Array of objects 分子ADMET属性值列表 请求示例 无 响应示例 状态码： 200 分子搜索任务查询成功响应
score 靶点口袋分子设计后的分子的vina score分数。 similarity 靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度，计算的是ECFP4 Tanimoto相似度。 score 优化后小分子的综合打分。 Vina Score1 分子优化如果添加了靶点，将会计算对接结合能，并按照Vina
标签：设置任务标签。 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。 生成后的小分子在满足强约束条件的基础上，会根据满足弱约束条件的权重总和以及与参考小分子的相似度来打分并进行排序。在初始化权重的基础上，每个约束所占的权重，会在每一轮的分子生成迭代中，根据所满足的约束来进行动态调整。比如说约束条件1，
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