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数据管理简介 盘古辅助制药平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、作业执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“复制数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
靶点发现 靶点口袋发现 靶点优化 父主题: 功能模块
创建数据库模板 使用create命令创建数据库模板。 命令结构 health create database template <template-name> [flags] 或者 health create db template <template-name> [flags]
清理本地记录的上传文件 上传对象时,支持断点续传功能,本地因此可能会残留上传异常产生的文件,可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时,本地生成的断点目录。
计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员
购买系统资源 医疗智能体平台购买完成后,单击“进入平台”,在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”。 您可以根据实际需求选择购买计算资源、性能加速、数据库。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。
项目成员和权限 医疗智能体以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。
欢迎使用盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台是以盘古药物大模型为基础打造的一站式药研平台,助力药物研发效率提升60%+。平台提供靶点发现,苗头化合物发现,先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速,大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。全平台无需软硬件安
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
获取数据库模板 使用get命令获取数据库模板列表、详情或者示例yaml文件。 命令结构 health get database template <template-id> [flags] 或者 health get db template <template-id> [flags]
自定义数据库 盘古辅助制药平台支持用户自定义数据库,可以上传自己的数据构建自己的数据库,进行后续的分子搜索。构建自定义数据库需要先购买CSS资源和绑定CSS资源,详情见资源中心 自定义数据库 返回主页,单击“自定义数据库”进入界面,单击页面左上角的“创建数据库”,并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。
购买CSS资源 登录CSS云搜索服务。 单击“创建集群”。 图1 创建集群 基础配置:选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”,输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs
url获取方法 在Notebook列表页面,按F12键打开,切换至Network页签。 单击页面右侧按钮,在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”,右侧展开代码行,在“url”行获取url链接,如下图所示。 图1 获取url
添加数据 在添加数据前,您可以创建存储数据的文件夹,将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹,可以直接添加数据。 (可选)新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”,创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则: 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。
删除模型 功能介绍 删除模型。 URI DELETE /v1/{project_id}/drug-models/{model_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋,检测类型基于配体,基于氨基酸残基,自动检测,自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
分子优化作业管理 创建分子优化作业 查询分子优化作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
修改供应商logo和名称配置 使用update或edit命令修改供应商logo和名称配置。 命令结构 health edit vendor-config [flags] 或者 health update vendor-config [flags] # 其中vendor-config可简写为vc
修改数据库实例 使用edit命令修改数据库实例。 命令结构 health edit database instance <instance-id> [flags] 或者 health edit db instance <instance-id> [flags] 表1 参数说明 参数