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在HPC集群上运行Platform MPI 操作场景 该任务指导用户在ECS集群(以CentOS7.3为例)上运行Platform MPI应用(以版本platform_mpi-09.01.04.03r-ce为例)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录
概述 操作场景 高性能计算解决方案适用于基因测序,工业仿真等高性能计算场景,您根据实际计算需求购买HPC集群。 本节操作介绍创建HPC集群的方式,以及创建流程,引导您一站式完成集群的创建、配置,并在HPC-S²上完成高性能计算作业。 部署方式简介 购买高性能计算解决方案:根据实际计算需求购买
配置BMS集群互相免密登录 操作场景 该任务指导用户在BMS集群上进行相关设置,并使其可以相互免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo su。 前提条件 已成功创建BMS,并绑定了弹性
查看集群扩容的进度 操作场景 集群扩容的命令下发之后,如需查看集群的扩容进度,可进入一站式HPC服务提供的“进度”页查看当前集群扩容的具体进展和详细信息。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“集群管理”。 在“集群管理”页面选择要查看的集群,单击操作列的“进度”进入查看
查看集群创建进度 操作场景 集群创建的命令下发之后,如需查看集群的创建进度,可进入一站式HPC服务提供的“进度”页查看当前集群创建的具体进展和详细信息。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“集群管理”。 在“集群管理”页面选择要查看的集群,单击操作列的“进度”进入查看。
查看集群缩容的进度 操作场景 集群缩容的命令下发之后,如需查看集群的缩容进度,可进入一站式HPC服务提供的“进度”页查看当前集群缩容的具体进展和详细信息 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“集群管理”。 在“集群管理”页面选择要查看的集群,单击操作列的“进度”进入查看。
查看集群的节点信息 操作场景 集群创建完成后,如需查看集群中节点的详细信息,可进入一站式HPC服务提供的“节点管理”页,查看例如当前集群中节点,包括节点名称和ID、节点类型、状态、规格、IP、共享存储挂载状态、可用区以及付费类型等信息。 操作步骤 前提条件:用户集群的节点列表不为空
配置单个ECS免密登录 操作场景 该任务指导用户在单个弹性云服务器内执行相关配置,使其可以免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo su。 前提条件 已成功创建弹性云服务器,并绑定了弹性
删除集群 操作场景 当集群不再使用后,可使用集群删除的功能将集群删除,如未勾选“删除云服务器”,节点资源将持续扣费,包周期资源需手动退订。 集群创建失败后,可使用集群删除的功能将集群删除,删除时不要勾选“删除云服务器”,然后再使用“已有节点部署集群”的功能重新部署集群。 集群出现异常后
配置ECS集群互相免密登录 操作场景 该任务指导用户在ECS集群上进行相关设置,并使其可以相互免密登录。仅支持在使用密钥登录弹性云服务器的情况下配置ECS集群互相免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户
STAR-CCM+启动相关问题 STAR-CCM+使用OpenMPI启动时,命令中有"-x"和"--mca"导致启动失败 问题现象: STAR-CCM+使用OpenMPI启动时候命令中同时有"-x"和"--mca"会启动失败,OpenMPI不支持"-x"参数和"--mca"同时使用
配置节点互信 配置节点互信免密登录 STAR-CCM+集群运行时候需要跨节点运行,推荐使用互信免密登录。 # 生成ssh公钥和私钥 ssh-key-gen # 拷贝公钥到指定主机的~/.ssh/authorized_key文件中 ssh-copy-id root@目标主机IP 例如
HPC断点续算计算方案 操作场景 在HPC领域很多应用本身是支持断点续算功能的,例如LAMMPS, GROMACS。同时HPC常用的调度软件也对断点续算有集成支持,如PBS、Slurm与LSF等。 本节以LAMMPS为例,介绍如何在HPC进行断点续算。 步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令
节点删除 操作场景 集群当前的节点数较多,可以选择将部分节点进行删除,对集群进行缩容操作以同时节省费用。 集群中某个节点出现异常且无法手动恢复后,可使用节点删除将该节点进行删除操作,随后根据需要再重新进行集群扩容操作。 操作须知 无论单节点删除或是批量删除,管理节点是禁止删除操作的
在HPC集群上运行Spectrum MPI 操作场景 该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行Spectrum MPI应用(IBM Spectrum MPI v10.1)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器
STAR-CCM+安装与运行 安装STAR-CCM+ yum install libXt libXext libSM libX11 cd /root unzip siemens.star-ccm15.zip cd Siemens.STAR-CCM+15 tar zxvf STAR-CCM
Spectrum MPI 操作场景 本节指导用户安装和使用IBM Spectrum MPI(以IBM Spectrum MPI v10.1为例)。 其中,IBM Spectrum MPI v10.1版本当前支持的操作系统列表如下: IBM Spectrum MPI 10.1.0.1