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创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取输入数据
获取药物作业列表 功能介绍 获取药物作业列表。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
创建聚类分析作业 功能介绍 创建聚类分析作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/clustering 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
生成分子SDF三维结构 功能介绍 生成分子SDF三维结构。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/sdf 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令
获取供应商logo和名称设置 使用get命令获取供应商logo和名称配置,默认将供应商logo图片下载到本地路径。 命令结构 health get vendor-config [flags] # 其中vendor-config可简写为vc 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit
删除数据库实例 使用delete命令删除数据库实例。 命令结构 health delete database instance <instance-id> [falgs] 或者 health delete db instance <instance-id> [falgs] 表1 参数说明
数据的上传和下载 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS
苗头化合物发现 分子对接 分子属性预测 分子搜索 CPI预测 分子生成 父主题: 功能模块
先导化合物优化 分子优化 靶点口袋分子设计 自由能微扰 合成路径规划 父主题: 功能模块
数据管理常用操作 复制数据 下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务
删除配体文件预览任务 功能介绍 删除配体文件预览任务。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数
更新药物作业 功能介绍 更新药物作业。 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是
URI POST /v1/{project_id}/task/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String
分子合成路径规划作业管理 创建分子合成路径规划作业 查询分子合成路径规划作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
查询CPI作业详情 功能介绍 查询CPI作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
URI GET /v1/{project_id}/custom-props/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id task_id 是 String 自定义属性任务ID 请求参数 表2 请求Header
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF