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配额管理 盘古辅助制药平台分为基础版和专业版两个版本。 表1 基础版与专业版区别 功能配额 专业版 基础版 用户总数 50 10 项目总数 100 50 单用户创建项目数 20 20 作业并发数 150 30 模型训练&模型管理 支持 不支持 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
在华东-上海一,区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 平台ID 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。 数据作业支持取消、删除、重试操作,三种操作均支持批量操作。 取消:一
修改计算资源调度信息 功能介绍 修改计算资源调度信息 URI PUT /v1/{project_id}/system/computing-resources/{id}/schedule 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹,最大可以上传48
获取供应商配置 功能介绍 获取供应商配置 URI GET /v1/{project_id}/system/vendor-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
开通服务 本章节分别介绍开通医疗智能体平台API、开通药物设计和临床研究API的相关操作。 开通医疗智能体平台API 进入EIHealth控制台,购买医疗智能体平台成功后,医疗智能体平台API自动开通成功。 开通AI辅助药物设计和临床研究API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华东-上海一”。
在使用该命令前,您需要通过平台创建项目。 命令结构 health get project <project-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 项目名称,在EIHealth平台创建项目时,由用户填写。 指定具体项目名称时,返回此项目的详情信息。
话单延迟导致欠费 当前华为云账单都会有一定的延迟计费,延迟时间在1小时左右,故需要提前预留1小时以上的费用来删除平台,以防欠费。 若您是利用优惠券购买平台,则需注意,欠费则不能用优惠券补充。 父主题: 计费
为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。 图7 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 查看方法与方式1相同。 父主题: 运行作业
ockerhub官网进行查询。 查看镜像是否pull成功。 用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像,防止查询出全部镜像,可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。 查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。
- '/output' 获取镜像地址 对于已上传或平台上已有的镜像,您可以参考以下步骤拼接镜像地址。 登录医疗智能体平台,进入镜像所在的项目。 在页面上方单击“镜像”,进入镜像管理页面。 单击镜像名称,进入镜像详情页。在该页面查看“源项目”、“镜像名称”、“镜像版本”,按照以下规
流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板 使用health get job
删除数据 使用rm命令删除EIHealth平台的文件或目录,此命令不支持删除引用的数据。 命令结构 health rm <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 destdir 无 是 目的文件或目录。 --force -f 否 强制操作,不进行询问提示。
调用说明 医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员账号有系统
API概览 医疗智能体平台所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表1所示。 临床研究和药物设计所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表2所示。 表1 医疗智能体平台API 类型 API 说明 项目管理 项目管理 项目创建、获取项目详情、删除项目等相关操作API。
在作业列表中,单击对应的作业名称,可查看作业运行状态,运行时间等信息。 图13 作业运行状态 单击具体的每个应用,可以查看每个应用的运行信息:输入输出,节点参数,应用以及日志等信息。 单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。 图14 查看应用信息 图15 查看输入、输出数据位置 单击输出参数路径,可以跳转至输出文件位置。