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介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建，并执行成功，然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。 方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建，进而获取相应的配置文件。详细的操作请参见命令行工具。 使用switch命令进入NGS流程所在的项目。
3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”，获取平台ID。 图3 平台ID 父主题： 准备工作
下所示： 步骤1：搭建Docker环境 步骤2：制作镜像 步骤3：上传镜像 步骤4：创建应用 步骤1：搭建Docker环境 搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”，获取平台ID。 图3 平台ID 父主题： 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
箱中收到测试通知。 图2 邮箱测试通知 收到邮箱测试通知后，单击“更新”，完成邮箱设置。 设置邮箱接收消息范围 在平台右上角用户名中选择“个人设置”，进入邮箱消息通知设置页面。设置邮箱消息的接收范围和接收类型。 接收范围 仅自己接收操作：自己所执行的操作。如果选择此项，接收类型默认全选。
下所示： 步骤1：搭建Docker环境 步骤2：制作镜像 步骤3：上传镜像 步骤4：创建应用 步骤1：搭建Docker环境 搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
h平台并生成数据库。同时，除了自定义数据库外，支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时，数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架，可通过数据库模板灵活的定义数据结构，描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制，不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
运行作业 方式1：使用预置的NGS流程 方式2：使用预置应用搭建NGS流程 方式3：自定义镜像运行FastQC流程
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4. 执行分析作业 常见问题 了解更多常见问题、案例和解决方案 热门案例 AK/SK是什么？如何获取AK/SK 如何搭建Docker环境？ 如何制作镜像？ 如何将生物信息学软件封装为镜像？ 更多 远程登录
ecaller、gatk-mergevcfs和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前，请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚
上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中，并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。 可通过“概览”展示流程的结构图。 可通过
初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook，
应用是生物信息学软件的镜像封装。例如，您可将Cell Ranger软件封装为镜像，并上传至EIHealth平台。通过应用把镜像引入，利用应用搭建分析流程，执行分析作业。 用于创建Notebook Notebook是一个交互式应用程序，用于代码的编写、调试、运行。创建Notebook
本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果（https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821），并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题： 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选
步骤4：创建并使用Notebook 步骤1：安装容器引擎 在制作自定义镜像时，您需要准备一台安装有Docker的机器。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get
支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用，支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 平台界面风格更新，新
th所在目录。 cd /home/user-name/test/client/ 图3 客户端 使用Linux版本命令行工具时，您需要在本地搭建Linux环境，并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致， 如果当前目录为health所在目录，可以使用
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