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步骤2:安装eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:上传数据 步骤5:下载数据 清理历史命令 前提条件 获取认证信息(AK/SK,区域名称,平台ID)。 步骤1:下载eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1
入操作。 流程管理 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义,流程至少由一个应用组成。 您可以使用该工具创建流程,并进行修改、删除、查询、导入操作。对于由多个应用构成的流程,可通过设置不同应用的输入、输出关系搭建为流程。 作业管理 您可以使用该工具启动分析
系统标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置项目、应用、流程、作业分类,系统管理员可以在系统标签管理中添加、删除、批量删除标签。 图1 系统标签管理 添加标签 在“标签管理”页面,单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中,输入标签名称、标签描述。 标签名称长
r环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl
作业”页面。您可以在该页面,查看作业的执行状态。单击作业名称即可进入作业详情页,查看运行进展和执行结果。 图2 作业详情 单击“概述”列按钮,在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用,单击输入输出参数的路径,即可跳转至数据管理页面,查看相应数据。在作业的子任务中可以查
排序方向,升序或降序,即ASC 和DESC,默认DESC,只有在--data参数使用时才生效。 --columns -c 否 当某个数据库实例列数非常多时,查看数据时会由于机器显示界面限制导致换行难以查看,添加此参数可以只显示想要查看数据的列名,多个列名用分号隔开(;),只有在--data参数使用时才生效。 --project
um)四种类型。 图4 参数信息 对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值
环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,ECS如果为Linux操作系统,可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。
ocker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环
最大长度:128 id 是 String 云服务器ID 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头
合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大
表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。
表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。
医疗智能体提供以下子服务: 基因组分析 提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 药物研发 提供多个药物研发AI模型、AI算法、药物知识图谱,支撑药企高效地开展药物研发工作。医疗智能体将深度学习算法及药物分析服务融入药物研发过程,让药企能
表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。
txt)。该匹配模式仅适用于对象名非“/”结尾的对象。 支持指定多个exclude参数,如--exclude *.xxx --exclude *.xxx。 --include -I 否 包含源对象的匹配模式,如:*.jpg。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\
txt)。该匹配模式仅适用于对象名非“/”结尾的对象。 支持指定多个exclude参数,如 --exclude *.xxx --exclude *.xxx。 --include -I 否 包含源对象的匹配模式,如:*.jpg。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\
盘古辅助制药平台购买完成后,单击“进入平台”,在平台右上角单击用户名,选择“资源中心”。 您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包 在“资源中心>存储资源”中可以查看存储使用量等信息。
0。 上传安装包:用户直接上传一个Nextflow的安装包。如果选择此方式,您可以单击“点击此处”进入nextflow release进行下载安装包。 图2 选择安装方式 单击“开始安装”。 卸载Nextflow 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“卸载”。
简单拖拽、连接的方式将不同的应用连接起来构建成一个分析流程,避免了写繁杂的bash脚本。 步骤1:订阅应用 进入资产市场,分别订阅fasp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize应用。 图1 订阅应用 可以在“工具 > 应用”列表可以看到刚刚订阅的应用。 图2