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参数类型 描述 name String 评估指标的名称 最小长度:1 最大长度:32 value Float 评估指标的评估结果 请求示例 查询一个自定义属性 GET https://{endpoint}/v1/{project_id}/custom-props/{task_id} 响应示例
successfully! add log-path successfully! 清空配置请执行health config clear命令 在Notebook中使用命令行工具 在EIHealth开发环境Notebook中使用命令行工具时,请依据以下步骤配置代理。 打开Notebook,并选择Term
表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。 Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。
表示执行更新某行操作。--update、--delete 、--insert必须要传其中一个,三选一。 --delete -d 否 表示执行删除某行操作。--update、--delete 、--insert必须要传其中一个,三选一。 --insert -i 否 表示执行插入数据行操作。--update、--delete
Array of strings 分子合成规划,列表内是reactions id score Float 当前分子合成路径的得分 请求示例 查询一个分子合成路径规划任务 GET https://{endpoint}/v1/{project_id}/task/synthesis/{task_id}
如果无法运行,提示Permission denied,请使用chmod 755 health命令设置执行权限。 初始化配置。 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息。执行health config add命令配置AK/SK,区域名称,华为云项目ID信息,获取方法请参见获取认证信息。 命令结构 health config
第一条链;每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:只能绘制一个分子,能够输入分子的SMILES。 选择文件:选择分子文件,最多支持100万个小分子,
靶点结构:选择靶点结构文件,仅支持PDB格式。若文件中包含多个受体,则默认只处理第一个。 单击下一步,配置配体文件,支持选择原始配体与上传配体文件两种方式 选择原始配体:选择靶点结构文件中已存在的原始配体用来定位口袋或作为片段优化,存在多个原始配体时可通过下拉框选择,与上传配体文件二选一。
max_prediction_per_product 是 Integer 每个产物的最大反应数量 最小值:2 最大值:20 响应参数 无 请求示例 创建一个分子合成路径规划任务 POST https://{endpoint}/v1/{project_id}/task/synthesis {
上传大于1GB数据 当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
面。 在配置页面,选择靶点文件、探针文件,配置相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件。 探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率,但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体,默认只处理第一个。 时间步长:
将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环
药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
如果msm=2则代表上传的URL是一个包含文件/文件夹列表的文件。 多文件/文件夹上传时必选,如果没有设置--recursive参数,则列表中的文件夹不会被上传。 --exclude -x 否 不包含源对象的匹配模式,如:*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符,例如abc*
模式仅对文件夹中的文件生效。 支持指定多个exclude参数,如--exclude *.xxx --exclude *.xxx。 同步文件夹时该参数可选。 --include -I 否 包含文件的匹配模式,如:*.jpg。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符。 您
删除:删除项目。需先冻结项目,才能执行删除操作。 恢复:删除的项目在删除后6天内都可以恢复成“可用”或者“冻结”状态。 图1 项目管理 分享项目 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 已创建一个项目。 操作步骤 单击“操作”列“分享”。
预置的模板不支持导入。 在左侧导航栏选择“模板”页签,单击“导入模板”。 导入方式选择“项目”,选择项目名称,勾选需要导入的模板,可以在“导入模板名称”中修改模板名称,单击“确定”。 图1 从其他项目导入模板 平台也提供了yaml格式的数据库模板,您可以在本地编辑完成后上传至平台
{ "region_id": "aaa", //假设区域名称是“aaa” ...... 当接口调用出错时,会返回错误码及错误信息说明,错误响应的Body体格式如下所示 { "error_msg":
标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置作业分类,可以在系统标签管理中添加、删除标签。 添加标签 在“标签管理”页面,单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中,输入标签名称、标签描述。 标签名称长度为1~32,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。
系统标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置项目、应用、流程、作业分类,系统管理员可以在系统标签管理中添加、删除、批量删除标签。 图1 系统标签管理 添加标签 在“标签管理”页面,单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中,输入标签名称、标签描述。 标签名称长