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应用的名称、版本、所在项目名称(app-name:version:srcproject),srcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。例如GATK:4.0:projectname。 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。 --summary -s 否 应用的简要描述。
使用键盘win键+R,输入cmd,并单击“确定”打开windows的cmd窗口。 进入cmd窗口,输入health命令,即可使用。 如果命令行工具所在的文件夹和进入cmd的默认路径不一致,可以使用cd命令进入health文件所在目录。例如,命令行工具放在D盘demo文件夹中,可以使用如下命令进入。进入后,再执行h
否 File 流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] priority 否 Integer 作业的优先级,取值范围[0,9],0最低,默认数值0 最小值:0 最大值:9 缺省值:0 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id
暂不支持用户设置部分Nextflow配置项 对于dag, timeline, report,,trace配置,医疗智能体(EIHealth)平台会默认开启并且指定相关路径,会覆盖用户侧配置,可以在作业详情页面查询和下载相关信息。相关信息可参考https://www.nextflow.io
使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地,此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health
作业的描述 labels Array of strings 作业标签 priority Integer 作业的优先级,取值范围[0,9],0最低,默认数值0 status String 作业运行状态 has_ignore_failed_tasks Boolean 是否包含已被忽略的失败tasks
不能包含两个以上相邻的斜杠(/)。 文件夹名称不能以中划线(-)开头。 多层文件夹不能超过45层。 数据列表按照先文件夹后文件的顺序排列。文件夹默认为首字母排序,文件可按照时间顺序排序,但始终在文件夹后面显示。 上传数据 选择数据需要上传的文件夹,并单击“添加数据”或者直接单击“添加数据”。
0。如果分子较易优化,优化后的分子相似度较高,新颖性较低,建议可以适当收紧强约束的条件设置,比如相似度可以收紧到0.3~0.7等等,正常情况下相似度设置按照默认即可。 弱约束:优化后的小分子不必要满足的约束条件。弱约束用于打分排序最终结果,输出分子会按照弱约束顺序尽可能多地满足所有弱约束;不满足弱
目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹,最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中,受网络影响可能出现损坏,上传命令默认会在上传完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health
201 表8 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String notebook ID 请求示例 创建notebook,使用系统默认镜像,需要cpu资源1C,内存资源5G。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1
不能包含两个以上相邻的斜杠(/)。 文件夹名称不能以中划线(-)开头。 多层文件夹不能超过45层。 数据列表按照先文件夹后文件的顺序排列。文件夹默认为首字母排序,文件可按照时间顺序排序,但始终在文件夹后面显示。 上传数据 选择数据需要上传的文件夹,并单击“添加数据”或者直接单击“添加数据”。
相对路径:流程运行完成后,会按照流程子任务的名称生成数据文件,相对路径指按照哪个数据路径中的结果文件生成数据库。 对于“Docking Summary”流程,包含5个子任务,默认在task-5-docking summary中保存有汇总的数据文件。 task-1-ligand 3dsdf to pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。
get-labels:获取计算资源标签列表。get-labels要和--node一起组合使用。 list:获取计算资源列表。 flavors:获取可用区下的计算节点规格列表。 默认值:list。 --node -n 否 计算节点id。设置了--label后使用,获取某个计算资源节点下的标签列表。 --zone -z 否
指定app-id或app-name:version:srcproject,列出具体应用的信息,srcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。例如GATK:4.0:projectname。 --sample -s 否 获取应用模板,模板为yaml格式。 --downloadPath
步骤3:制作并上传镜像 制作镜像。 【可选】根据网络情况,配置基础镜像中的PyPi Mirror,对下载进行加速。基础镜像中的PyPi Mirror,默认配置为华为云软件开发云的PyPi mirror。您可以在容器中执行如下命令,查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirro
Array of LigandDto objects 配体文件列表,当前仅支持1个。 数组长度:1 - 1 engine 否 String 引擎,默认为AUTODOCK_VINA。 缺省值:AUTODOCK_VINA 最小长度:0 最大长度:15 表4 CreateDrugJobBasicInfo
绝对路径即可,如:health ls /abc/。 --limit -l 否 列举查询结果的最大个数,小于等于0表示列举所有结果,不设置时默认为最大值1000。 引用数据会列举全部,不受该参数影响 。 --simple -s 否 以精简格式显示查询结果,返回结果只包含对象名。 --recursive
timeOut for executin xxx,则可以确认为作业超时失败。 解决方法 根据实际业务需要,在“创建作业”阶段,设置合适的超时时间,默认设置的超时时间为24小时(1440分钟),最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 图1 作业设置 场景2 作业投递后处于运
数组长度:0 - 5 sampler_mixin_weight 否 Float 初始化采样权重,参数范围(0.5, 1),不包含0.5和1,默认为0.6。 最小值:0.5 最大值:1 缺省值:0.6 base_model_id 否 String 基模型id。 缺省值:pangu-drug-model
还可以看到生成的小分子与靶点的结合构象。 如果上传了双靶点,可以通过切换来切换靶点,查看相应靶点和生成分子的结合构象。如果设置了两个靶点会默认下载两个靶点的结果。 图11 查看3D图 在查看3D的页面中,单击右侧的配体列表中,每个配体卡片右上角的,可以查看 查看详情:可以查看每个分子的属性信息和score。