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在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发条件,就会在平台自动运行,并在分析任务列表添加一条记录。 创建自动作业 在“作业”页面左侧,单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。
使用数据库列为user_name。
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs | 8GB”,不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储:建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。
--sortDir -d 否 排序规则,按创建时间排序,默认DESC。此参数用于获取作业列表。 取值:DESC、ASC。 --sortKey -y 否 指定需要排序的key,如:create_time。此参数用于获取作业列表。
对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除,即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系,即只删除数据库记录。
选择数据库:最多可选择10个数据库。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 输出个数:输出个数越多,任务时间越长。 作业名称:设置作业名称。
获取系统标签 使用get命令获取系统标签库列表。 命令结构 health get label [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
目前支持两种格式,特殊id:{流程名称}::{流程版本}::{源项目名称};正常id:流程id 最小长度:1 最大长度:135 tool_type 是 String 作业依赖的组件类型,仅支持填写workflow tasks 否 Array of JobTaskDto objects 基于替换规则压扁后
图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。
新建CPI任务接口 功能介绍 输入蛋白序列、小分子库,创建分子-蛋白互作预测任务。
覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 响应参数 无 请求示例 更新自动作业,更新自动作业的名称为demo-auto-job,使用的数据库列为user_name。
最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 databases 否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。
获取系统资源 使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。
作业运行失败描述信息,当作业执行失败时会返回 failed_reason String 作业运行失败原因,当作业执行失败时会返回 tool_info ToolInfoDto object 流程信息 tasks Array of TaskDefinitionDto objects 基于替换规则压扁后的效果
如果在创建和追加数据库的过程,显示资源不足,需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE,产生自动化FEP工作流,端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。
如果没有初始数据集,可以选择官方库,ZINC数据集。
绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源,购买步骤参考购买资源,绑定具体操作如下: 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面,选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法,将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类,从而找到有效骨架 ,辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。