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平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的读操作和写操作(默认)和仅写操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑
作业名称”,进入作业在输出结果页面查看。 图1 查看分子对接结果 在输出结果右侧的配体展示列表中,可以单击需要收藏的配体卡片右上方的进行收藏(在3D视图下),收藏配体列表前两位的配体。 单击页面右上角的“只看收藏”,页面筛选出收藏的配体。如果查看全部配体,单击页面右上角的“查看全部”,出现全部配体。 图2 收藏配体
盘古辅助制药平台支持用户自定义数据库,可以上传自己的数据构建自己的数据库,进行后续的分子搜索。构建自定义数据库需要先购买CSS资源和绑定CSS资源,详情见资源中心 自定义数据库 返回主页,单击“自定义数据库”进入界面,单击页面左上角的“创建数据库”,并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
安全设置 当您需要对账号的安全信息进行设置时,可以在“安全设置”中进行操作。平台的任一用户均可对自己的邮箱、手机号码和密码进行修改。 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在“安全设置”中修改账号的安全信息。 图1 安全设置 如果创建平台用户时,未填写邮箱或手机号,则在进行安全设置时,会提示设置邮箱或手机号。
数据库创建完成后,您可以对数据库内的数据执行编辑、删除、新增行操作。预制数据库和引用数据库不支持编辑、删除、新增行操作。 编辑 数据库创建完成后,单击数据库名称进入数据库详情页,在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要修改的数据行的操作列单击“编辑”,修改数据。 编辑时,主键内容不能修改,编辑的值,需要对照数据库模板值进行填写。
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
欢迎使用盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台是以盘古药物大模型为基础打造的一站式药研平台,助力药物研发效率提升60%+。平台提供靶点发现,苗头化合物发现,先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速,大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件安装调试成本,
CPI预测 CPI预测基于蛋白质的一级序列和化合物的2D结构进行靶点匹配,精确的预测化合物-蛋白相互作用。 单击“CPI预测”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件。 支持3种输入方式,分别是输入氨基酸序列、选择文件、输入PDB ID 输入FASTA格式氨基酸序列,输入框最多支持
标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。 生效时间 选择购买套餐包后的生效时间。目前支持支付完成后立即生效和指定生效时间两种方式。 如果支付时间晚于指定生效时间,资源包将在支付后立即生效。
查看作业信息 点击作业的“作业信息”页面可以查看作业的运行时间和配置参数。 图14 查看作业信息 聚类分析 目前分子对接返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的 辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚
聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件;文件大小不超过5G;小分子支持10-10,000个,超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子:可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。
并开通华为云时提供的用户名等信息,用于登录并操作EIHealth平台的项目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接,指的是对应软件包的校验文件。例如:Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64
环境配置:加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件:通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练:针对提供的数据和模型参数,AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。训练过程经过模型搜索阶段和模型训练阶段,在模型搜索阶段,根据json文件中的配置参数,对于选定的模型参数会训练一定
优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行(该特性规划中,暂未上线)。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。
行、文档编写和结果展示等功能。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 镜像 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu
gevcfs和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前,请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。
项目 华为云的区域默认对应一个项目,这个项目由系统预置,用来隔离物理区域间的资源(计算资源、存储资源和网络资源),以默认项目为单位进行授权,用户可以访问您账号中该区域的所有资源。如果您希望进行更加精细的权限控制,可以在区域默认的项目中创建子项目,并在子项目中购买资源,然后以子项
平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的写操作(默认)和读操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定