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最小值:0 最大值:5000 initial_dataset_size Integer 初始化数据集的分子数目。当为-1时,表示分子数目未知。 最小值:-1 最大值:100000 binding_sites Array of BindSiteDto objects 靶点列表。
数组长度:0 - 5 sampler_mixin_weight 否 Float 初始化采样权重,参数范围(0.5, 1),不包含0.5和1,默认为0.6。 最小值:0.5 最大值:1 缺省值:0.6 base_model_id 否 String 基模型id。
sampler_mixin_weight Float 初始化采样权重。 base_model BaseModel object 基模型。 models Array of BasicDrugModel objects 模型列表。
修改项目成员角色 使用update或edit命令修改项目成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health update member <member-name> [flags] 或 health edit member <member-name> [flags
如何搭建Docker环境 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软件安装的流程写成
获取docker login指令 功能介绍 获取docker login指令 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/
制作Docker镜像 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软件安装的流程写成
JupyterLab简介及常用操作 JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境
更新或者添加项目成员角色 功能介绍 更新或者添加项目成员角色 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects
通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 聚类分析 父主题: 功能模块
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal 例如
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务,快速实现基因组数据分析及AI建模,提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基于基因组分析结果
添加项目成员角色 使用add命令将用户添加至项目,并赋予成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health add member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name 无 是 用户名称。
根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容 功能介绍 根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id
数据管理常用操作 复制数据 下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型
自定义镜像创建Notebook样例 Notebook提供了在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码,在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Notebook
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE,产生自动化FEP工作流,端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配体仅支持
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。