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修改性能加速资源 修改性能加速资源节点。 命令结构 health edit performance-resource <ID> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --job-quota -j 否 修改性能加速资源作业配额。 --schedulable
图1 靶点配置输入氨基酸序列 选择文件,支持fasta格式和pdb文件。 fasta格式文件,最多上传1个文件,文件中最多支持100条氨基酸序列,每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 pdb格式文件,最多上传100个靶点文件,如果上传多聚体靶点,仅解析第一条链,每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。
否 查询计算节点方式。 取值范围: get-labels:获取计算资源标签列表。get-labels要和--node一起组合使用。 list:获取计算资源列表。 flavors:获取可用区下的计算节点规格列表。 默认值:list。 --node -n 否 计算节点id。设置了--
--cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹,默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段上传任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的upload子文件夹下,分段任务执行成功后,对应的断点记录文件会被自动删除;分段任
G,SUBMITTED,UNKNOWN --workflowName -w 否 流程名。此参数用于获取作业列表。 --userName -u 否 用户名。此参数用于获取作业列表。 --createStartTime -c 否 最小创建时间,格式:YYYY-MM-DD HH:MM:SS。例子:"2006-01-02
相关操作API。 表2 临床研究、AI辅助药物设计API 类型 API 说明 药物设计 API(AI辅助药物设计) 分子生成、分子优化、靶点化合物结合预测、分子属性预测相关操作API。
开通服务 本章节分别介绍开通医疗智能体平台API、开通药物设计和临床研究API的相关操作。 开通医疗智能体平台API 进入EIHealth控制台,购买医疗智能体平台成功后,医疗智能体平台API自动开通成功。 开通AI辅助药物设计和临床研究API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华东-上海一”。
为了全面、系统地评估药物对新冠病毒所有靶点蛋白的结合情况,华为云联合多家科研单位,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取靶点蛋白的3D结构。对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,同时从21个
图3 靶点设置 图4 Target1设置 图5 Target2设置 图6 靶点设置完成 通过“靶点设置”上传靶点,并且设置对接口袋。 此处靶点设置为可选参数,如果选择靶点设置,可以将对接活性作为一个约束条件进行分子优化。靶点1对应的约束条件是target1_binding_e
最大长度:128 output_dir_type 否 String 输出路径的类型 node_labels 否 Array of strings 节点标签 取值范围[0,1],单个标签最大长度63字符 最小长度:1 最大长度:63 数组长度:0 - 1 io_acc_id 否 String
上传配体文件:通过上传与靶点结构有良好结合构象的配体文件确定配体,若文件中包含多个配体,默认只处理第一个,与选择原始配体二选一。仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 标记位点:3D可视化区域选择位点,再单击右侧标记位点的“+”添加。最多可添加50个生长位点。 单击下一步,配置其余参数
或者单击右上角“更多”,进入购买存储套餐包页面进行购买。 表1 参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。
下的失败结果清单文件“rm_failed_report_时间_TaskId.txt”及日志路径下的日志文件。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。 --t -n 否 指定用户的securitytoken。 --v
镜像名称相同。发布成功的镜像不支持修改展示名称。 版本 发布镜像的版本。 版本长度必须为1-64个字符,只支持字母,数字,中划线,下划线和点号。 类型 镜像。 标签 设置发布镜像的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的镜像设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下:
名称保持一致。发布成功的数据不支持修改展示名称。 版本 发布数据的版本。 版本长度必须为1-64个字符,只支持字母,数字,中划线,下划线和点号。 类型 数据。 标签 设置发布数据的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的数据设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下:
# 计算节点标签 标签个数取值范围[0-1],单个节点标签最大长度56个字符,以字母或数字开头,可以包含下划线(_)、中划线(-)、点(.)、字母和数字,且必须以字母或数字结尾 - health.label
单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行分子生成,需要进行配置。最多可添加2个靶点。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。 通过“靶点设置”上传靶点,并且设置对接口袋。 此处靶点设置为可选参
配额说明 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
您可以通过单击作业名称,进入详情页面,查看详细的运行信息。包括运行状态、标签、描述、创建时间、完成时间、运行时间、计算节点标签、加速类型、优先级等。单击“概述”列按钮,在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用;在作业的子任务中可以查看日志、事件;在事件页签,可以查看实例的事件详情、下载YAML
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1:使用账号、密码初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。