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基于盘古药物分子大模型，靶点口袋分子设计功能主要是能够根据给定的口袋和小分子利用AI的预测出更优小分子。 单击“靶点口袋分子设计”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面上传靶点结构，及配置其他参数。 图1 查看配置页面 靶点结构：选择靶点结构文件，仅支持PDB格式。若文件中包含多个受体，则默认只处理第一个。 设计方式：
oken。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 server 是 String 服务器地址 最小长度：1 最大长度：128 user_name 是 String 用户名 最小长度：1 最大长度：128 password 是 String
的80多种成药属性，有些属性的预测值会给出置信区间，更好地辅助分子设计。 单击“分子属性预测”功能卡片，进入配置页面。 图1 小分子配置页面 在配置页面输入分子信息，及配置相关参数。 输入方式：支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子：只能绘制一个分子，能够输入分子的SMILES。
节点存储：建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。 图3 节点 网络配置：输入管理员密码，公网访问选择“自动绑定”，单击“下一步高级配置”。 图4 网络配置 单击“下一步：高级配置”，在弹窗里单击“确认”。 图5 确认 高级配置。 图6 高级配置 确认配置，无误后单击“立即创建”，即可完成购买。
有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像
靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法，高效遍历柔性蛋白表面，找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探
048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID，最多输入100个PDB ID，用逗号或换行方式隔开；不区分大小写；如果输入多聚体靶点，仅解析第一条链；每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息，及配置相关参数。 输入方式：支持绘制分子、选择文件、手动输入。
完整的Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 步骤1：新建fastqc镜像 在linux环境上配置docker环境。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 配置完成后
特殊符号（多个特殊符号不能连续），以字母或数字结尾。 类型 流程。 标签 设置发布流程的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的流程设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下： 格式：svg,png,jpg,jpeg 尺寸：16 * 9 大小：不超过20KB 描述 针对此流程的相关描述。 单击“立即发布”。
划线，下划线和点号。 类型 镜像。 标签 设置发布镜像的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的镜像设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下： 格式：svg,png,jpg,jpeg 尺寸：16 * 9 大小：不超过20KB 描述 针对此镜像的相关描述。 单击“立即发布”。
有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像
划线，下划线和点号。 类型 数据。 标签 设置发布数据的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的数据设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下： 格式：svg,png,jpg,jpeg 尺寸：16 * 9 大小：不超过20KB 描述 针对此数据的相关描述。 单击“立即发布”。
特殊符号（多个特殊符号不能连续），以字母或数字结尾。 类型 应用。 标签 设置发布应用的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的应用设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下： 格式：svg,png,jpg,jpeg 尺寸：16 * 9 大小：不超过20KB 描述 针对此应用的相关描述。 单击“立即发布”。
或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子：可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型，根据给定的目标分子，可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，可以在左侧绘制分子，也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件：支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。
在“功能模块”页面，选择对应的模块，单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面，配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建 新建作业 单击“新建”，在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”，在对应的模块页面配置详细信息，具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作
图1 设置靶点优化配置页面 单击“下一步”，配置靶点优化配置参数。 MD引擎：仅支持GROMACS。 时间步长：MD模拟的时间步长，范围支持0<时间步长≤5fs，默认是2fs。 温度：MD模拟的温度，范围支持0<温度≤1000K，默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy
流程创建成功后，您可以对流程进行编辑，删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程，单击操作列的“编辑”，进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改，您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”，可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称，进入流程详情页面，单击流程文件后的“下载”，可下载该流程文件。
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
情况，直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称，会出现账号的相关操作，包括系统资源，系统配置等。注意这里只有管理员账号有系统资源，系统配置等操作，具体说明请参见用户管理。 图1 系统资源 父主题： 购买计算资源（主账号操作）
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