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NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能,通过获取示例数据,创建药物虚拟筛选任务并查看结果。
创建标签页面 功能介绍 创建标签页面 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/
创建模板 功能介绍 创建模板 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eih
创建模型 功能介绍 创建模型。 URI POST /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2
创建nextflow作业 功能介绍 创建nextflow作业 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eiheal
创建study作业 功能介绍 创建study作业 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-pro
创建子用户 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 填写必填信息。必填信息包括“用户名”、“角色”、“密码”。 “角色”分为管理员和操作员。权限区别请参见表
发布镜像 您可以将创建的镜像发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称,进入项目管理页面,选择“镜像”页签。 单击需要发布的镜像名称,进入镜像详情页面。 单击“操作”列的“发布”。 图1 发布镜像 在发布页面,填写发布镜像的相关信息。
运行作业 方式1:使用预置的NGS流程 方式2:使用预置应用搭建NGS流程 方式3:自定义镜像运行FastQC流程
创建CPI作业 功能介绍 创建CPI作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
# 引用的外部桶的源路径 ├─OBSFS:obsfs-bucket-name: # 引用的外部并行系统名称 │ ├─path1 # 引用的外部并行系统的源路径 导入网络数据 Windows: health import data https://eihealt
子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。 图3 实例的事件 解决方法 若子任务未正常创建,请联系服务技术支持解决。 若子任务正常创建,但是实例未正常创建,可以通过事件信息分析,常见有以下问题场景和对应解决方案。
创建分子对接作业 功能介绍 创建分子对接作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
上传小于1GB数据 上传数据 上传数据是最常用的添加数据功能,但由于网页传输大文件时存在一定的限制,所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。
配置命令行工具 步骤1:获取认证信息 步骤2:获取命令行工具 步骤3:初始化配置
health get app -s 获取app.yaml模板,以yaml格式打印到控制台 app: # 系统唯一标识,由系统随机分配,说明如下: # 1. 通过文件创建app时(UI\CMD),id必须为空,不允许指定 # 2. 通过文件修改app时(CMD),id为空或与命令行中指定的保持一致
创建子目录 使用mkdir命令,在当前目录下创建子目录,此命令不支持在引用的项目中创建子目录。 命令结构 health mkdir <name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 无 是 子目录的名称。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。
创建分子聚类作业 功能介绍 创建分子聚类作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id}/cluster 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
创建分子搜索作业 功能介绍 创建分子搜索作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。