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设置用户邮件配置 邮箱连通性测试 获取消息邮件配置 设置消息邮件配置 删除消息邮件配置 获取消息清理规则 设置消息清理规则 获取通知消息列表 批量删除通知消息 批量更新消息 父主题: 系统管理
、取消、删除、克隆、导出操作。对于列表中的作业,支持通过作业名称、流程名称、标签、创建者、状态、创建时间和完成时间进行快速搜索。 如果需要批量创建分析作业,您可以创建自动作业。 当作业执行超时,作业状态显示失败,task状态为运行中。后续task运行成功或失败,作业状态都显示失败
标签管理 获取标签列表 创建标签 删除标签 批量删除标签 父主题: 系统管理
资源监控数据获取 获取资源监控数据 批量获取资源统计数据 父主题: 系统管理
详细项目成员角色和权限介绍请参见成员角色和权限。 图7 移除、修改项目成员 选中成员,单击“移除”,将成员从项目中移除。选中多个成员,可进行批量移除,一次最多选中五个成员。 成员角色和权限 在项目中,成员可以划分为5种不同的角色。详细角色介绍请参考表 项目成员角色,详细角色权限请参考表
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题:
镜像管理 发布镜像 导入镜像 订阅镜像 更新镜像描述信息或者类型 删除镜像仓库 批量删除镜像tag 删除指定镜像tag 获取镜像列表 创建镜像 获取docker login指令 获取指定镜像的tag列表 父主题: 项目管理
项目审计管理 创建项目 获取项目列表 更新项目 删除项目 获取项目详情 更新或者添加项目成员角色 移除项目成员 转移项目 批量删除项目成员 获取项目审计日志追踪器 更新项目审计日志追踪器配置 获取项目审计日志 获取指定审计日志 下载近一万条审计日志 父主题: 项目管理
数据管理 创建文件夹 查询数据列表 获取桶存量信息 复制项目数据 导入项目数据 导入网上数据 引用项目数据 订阅资产市场数据 上传数据文件 批量删除项目数据 获取桶列表 查询项目级数据权限控制策略 设置项目级权限控制策略 获取数据详情 设置数据对象策略 发布数据资产 父主题: 数据管理
去金属离子:去掉受体蛋白里面的金属离子。 去水、去金属离子参数默认是勾选状态,若上传的受体中包含配体,提交任务时系统会自动删除配体。 单击“应用全局",可以对受体进行批量处理。 单击“下一步”,进入配体预处理页面。 单击“上传配体”后的,选择配体文件。 配体文件仅支持输入1个文件。 配体支持SDF、MOL2、PDB、
NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前,请先参考上传数据,上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 数据上传完成后,在流程设计器页面,分别单击应用参数左侧图标,设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。 表1
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1:使用账号、密码初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
将其他项目或本项目的数据,复制到本项目中,并可在本项目中操作该数据。 单击数据中心右上角“复制”。 选择需要复制的项目数据,选择导入数据的路径。 您可以选中多个文件夹进行批量复制。 复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 单击“确认”,复制其他项目中的数据至本项目。 引用数据 将其他项目或OBS桶中的
将其他项目的数据,复制到本项目中,并可在本项目中操作该数据。 单击“添加数据”,类型选择“复制”。 选择需要复制的项目数据,选择导入数据的路径。 您可以选中多个文件夹进行批量复制。 复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 单击“确认”,复制其他项目中的数据至本项目。 引用数据 将其他项目或OBS桶中的
方式1:使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1:订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程,以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2:订阅数据 若您
使用AutoGenome镜像 AutoGenome是Notebook镜像,利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索,训练,评估,预测和解释的工具包。 使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅镜像 步骤2:创建Notebook
断点记录文件会被自动删除;分段任务执行失败或被中断后,下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。 --jobs -j 否 批量复制时的最大并发数,默认为配置文件中的defaultJobs。 --exclude -x 否 不包含源对象的匹配模式,如:*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“
QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。 聚类分析 目前分子属性预测返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一
查看运行结果(2) 图6 查看运行结果(3) 图7 查看分子详情 图8 查看作业信息 聚类分析 目前靶点口袋分子设计返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一
自动删除;分段任务执行失败或被中断后,下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。 --jobs -j 否 同步上传文件夹时批量任务的最大并发数,默认为配置文件中的defaultJobs。**说明:**工具会保证该值至少为1。 同步文件夹时该参数可选。 --exclude