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获取资产列表 功能介绍 获取资产列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/assets 表1 路径参数 参数 是否必选
获取系统资源 使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。 命令结构 health get resource [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称,支持computing、performance、database
上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板,上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml
Notebook安装Conda指导 打开Notebook,在“File”页签下选择“Terminal”。 图1 选择Terminal 下载和安装Anaconda。 获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda.com
流程配置文件说明 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成
查询资产版本详情 功能介绍 查询资产版本详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/assets/{asset_id
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅地提高了测序速度,有力推动了相关研究。目前,NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题
获取收藏资产列表 功能介绍 获取收藏资产列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/assets/stars 表1
创建流程 功能介绍 创建流程 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String
更新流程 功能介绍 更新流程 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/{workflow_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
获取流程详情 功能介绍 获取流程详情 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/{workflow_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
获取task详情 功能介绍 获取task详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
查询自动作业模板 功能介绍 查询自动作业模板 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
相关参数 物化性质(Physicochemical Property) Molecular Weight (MW): 分子量大小,包含氢原子,最佳分子量在100~600之间。 Molecular Refractivity (MR): 总极化率,取决于分子的温度、折射率和压力。 Volume
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
获取作业详情 功能介绍 获取作业详情 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格式以
查询作业 功能描述 查询指定job详情。 命令结构 health nextflow get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id,不指定job-id时,列出当前project的全部job的基本信息。 --type
增量同步 使用sync命令让本地源路径下的所有内容和OBS指定目标对象进行数据同步,使两边内容保持一致。 增量:依次比较源文件和目标对象,只上传存在变化的源文件。 同步:命令执行完成后,保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集,即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象