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归档数据 平台支持数据的归档机制,您可以将核心数据进行归档,避免误删造成损失。 在“数据”页面单击“归档”,进入归档数据页面。 图1 选择归档 填写归档的参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 设置归档数据的名称。归档名称长度为1-100。 描述 归档数据描述信息。 归档类型
DrugJobDto object 作业基本信息。 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:1024 scaffold String 分子骨架表达式。 最小长度:1 最大长度:1024 top_n Integer 生成分子数量。 最小值:0 最大值:1000
参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 params SynthesisParamDto object 合成路径规划作业配置。 表4 DrugJobDto
是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 smiles 否 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件。 binding_site 否
smiles_list 否 Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 binding_sites
fo object 创建药物作业基本信息。 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:1024 scaffold 否 String 分子骨架表达式。 最小长度:1 最大长度:1024 top_n 否 Integer 最相似的top_n个。 最小值:1
的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。同时,该研究成果以封面杂志发表在化学信息学领域国际顶级期刊《Journal of Chemical Information
的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs
smiles String 分子SMILES表达式 props Array of objects 分子ADMET属性值列表 表7 SearchResultItem 参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 source String 分子所属的数据库来源
单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路径规划的路径数量。路径数量增加,将展示更多的合理
构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。 图2 输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,
流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] 响应参数 无 请求示例 更新Nextflow流程,修改流程描述为description,标签为labelA,labelB,流程主文件为main.nf https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{proj
smiles_list Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 num_trials
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:1024 scaffold 否 String 分子骨架smiles表达式。 最小长度:1 最大长度:512 size 否 Integer 尺寸。 最小值:0 最大值:5000
配体名称,若无名称则自动命名,格式为UNK+索引(从1起编号)。 最小长度:1 最大长度:32 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 表8 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(
完整描述文本 labels: # 可选 # 标签 - labelA - labelB timeout: 1440 # 可选 # 流程超时时间,取值范围[1,144000],单位分钟,默认1440
smiles String 分子SMILES表达式 props Array of objects 分子ADMET属性值列表 表7 OptimizationResultItem 参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 props Array of objects
上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,同时从21个蛋白的角度,综合、无偏的评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 父主题: EIHealth平台
完整描述文本 labels: # 可选 # 标签 - labelA - labelB image: 'xxxx' # 必选 # 镜像地址 commands:
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 响应参数 无 请求示例 { "smiles" : "c1ccccc1" } 响应示例 无 状态码 状态码