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安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎,可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
安装Nextflow 功能介绍 安装Nextflow(file和version参数必须提供其中一种) 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1
er”。 选择安装位置,按“Enter”。 安装完成后,输入“yes”。 初始化Anaconda配置并测试安装。 执行以下命令初始化Anaconda配置。 export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH source ~/.bashrc 测试安装。 conda
zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64.tar、health-linux-aarch64.tar.sha256 Linux AMD 64位 health-linux-x86_64.tar、health-linux-x86_64.tar
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令进行初始化配置。 health
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1:使用账号、密码初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64.tar、health-linux-aarch64.tar.sha256 Linux AMD 64位 health-linux-x86_64.tar、health-linux-x86_64.tar
k(在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open Babel),详细步骤如下所示: 步骤1:安装容器引擎 步骤2:获取Notebook基础镜像 步骤3:制作并上传镜像 步骤4:创建并使用Notebook 步骤1:安装容器引擎 在制作自定义镜像时,您需要准备一台安装有Docker的
云服务器创建成功后,在云服务器列表页,选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”,输入ECS初始账号,登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker
区域是一个地理区域的概念,由于带宽原因,会在多个地区建立数据中心,提供服务。 医疗智能体服务部署在华北-北京四,区域名称为cn-north-4;部署在华东-上海一,区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。
步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。
上传镜像到SWR镜像仓库 上传镜像前,您需要安装容器引擎并完成镜像的制作,详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎,请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构
ndows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Do
区域是一个地理区域的概念,由于带宽原因,会在多个地区建立数据中心,提供服务。 医疗智能体服务部署在华北-北京四,区域名称为cn-north-4;部署在华东-上海一,区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。
ndows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Do
health命令设置执行权限。 步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令配置AK、S
veloper,Uploader或者Viewer。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health add member demo-user --project demo-project
执行以上命令,会在系统所在的用户目录下自动生成“.health”文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。