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安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎,可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路
以在项目的“设置”页面设置数据权限。数据权限仅可以有项目所有者设置。 分享:关闭分享后,项目内数据不允许分享给其他项目,包括拷贝、引用两种方式。 下载:关闭下载后,项目内数据不允许下载至本地。 删除:关闭删除后,项目内数据不允许通过平台、命令行工具删除。 图1 数据保护策略 数据审计
图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件;文件大小不超过5G;小分子支持10-10,000个,超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子:可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。 名称:设置
获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式,建议您使用第一种,通过获取已经执行成功的NGS配置文件,并在该配置文件基础上进行修改,得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建,并
要的应用程序及其依赖文件。 项目 项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过划分角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。
细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心
-x 否 不包含源对象的匹配模式,如:*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符,例如abc*.txt代表匹配以abc开头以.txt结尾的任意文件。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。如果待下载的对象名匹配该参数,则跳过该对象的复制。
将已经引用的数据解除引用关系。有以下两种方式,可以实现解除数据的引用。 单击“操作”列的“解除引用”,解除数据引用关系。 图4 解除引用 鼠标指向左侧数据列表,选择需要解除引用的数据。单击右侧图标,解除引用关系。 图5 解除引用 下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。
ID,最多输入100个PDB ID,用逗号或换行方式隔开;不区分大小写;如果输入多聚体靶点,仅解析第一条链;每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:
“神农项目”简介 “神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间,为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式,华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过850
操作。 详细的应用创建和使用请参见工具管理。 创建应用 应用是生物信息学软件的镜像封装,您可以制作软件镜像并上传至平台,并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealt
进行导入。 图2 导入用户 导入的IAM子用户需要具有管理控制台访问方式。 导入用户时不能超出配额。如果超出配额,进行配额调整后,5分钟后生效。 以用户组的方式导入时,若超出配额的部分会导入失败。 以用户组的方式导入时,用户组里已经导入到平台的用户,不算统计个数。例如,用户组A里50个用户,10个已经导入平台,
状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer mfa方式个数 methods Array of MfaRsp objects mfa方式列表 表4 MfaRsp 参数 参数类型 描述 method String mfa方法 info String
运行作业 方式1:使用预置的NGS流程 方式2:使用预置应用搭建NGS流程 方式3:自定义镜像运行FastQC流程
获取docker login指令 功能介绍 获取docker login指令 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}
您可以使用该工具获取、切换、创建、更新、删除和转移项目,也可以添加、修改、移除项目成员角色。 数据管理 您可以使用该工具查看、上传、下载、复制、导入、引入、创建和删除项目中的数据,创建、获取、删除、恢复归档数据,也可以对数据作业执行获取、删除、重试、取消操作。 数据库管理 您可以使用该工具创
添加参数方式支持两种,一种为单击进行添加,一种为单击进行添加。如果参数比较多,建议使用“上传参数”方式。 上传参数方式:支持json或yaml格式,文件大小不能超过10M。模板可以通过单击进行下载。如果上传参数有重名的参数,则只取最后一个参数的值。 添加参数方式:需手动配置相关参数的取值。
的时候,需审视是否存在隐私数据,请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据中心”页面上传 通过“数据中心”页面上传
要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。宏基因组学(或元基因组学,metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研