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步骤3：上传镜像 步骤4：创建应用 步骤1：搭建Docker环境 搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS，并通过ECS搭建Do
公共读”。一般私密数据不建议用此方法。 目前仅支持访问用户个人OBS下的链接，不支持读取其他用户公共读的链接。 上传待检测的图片 请参见OBS文档上传对象。 获取图片URL 请参见OBS文档获取对象URL。 父主题： 附录
本示例中使用华为云弹性云服务器服务（ECS）创建一台云服务器，并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后，在云服务器列表页，选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”，输入ECS初始账号，登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。
例如，可在Docker Hub获取bwa软件（用于将基因序列比对到参考基因组上）。 以下类型镜像，建议您通过Docker Hub获取，不建议自己制作。 基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如
clear命令。 步骤4：上传数据 使用upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台。该命令不支持将数据上传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹，最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中，受网络影响可能出现损坏，上传命令默认会在上传完成后，验证项目
流程使用的镜像和数据需要按照医疗智能体（EIHealth）平台的规范进行上传 推荐通过eihealth-toolkit进行上传。eihealth-toolkit介绍详见什么是医疗智能体eihealth-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询，创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。
创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图2所示。 图2 通过OBS同步数据 “Upload”上传数据大小受限时，您可以通过以下多种方式将文件上传到OBS中，通过OBS与Notebook进行数据同步。 表1 上传数据方法 上传方法
可以在项目中存储数据，上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中，并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可以创建项目，并向其中上传数据、搭建流程、创建分析作
查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。 复制上一步查找到的fastqc的id。利用docker run imagesId fastqc --help命令进行查询。fastqc --help可以替换成任何fastqc的命令，与linux类似。 步骤2：上传镜像至EIHealth平台 配置命令行工具。
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令，请在本地搭建Docker环境，要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目，需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker tag
白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”，进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。 图2 输入分子 单击“下一步”，进入靶点设置，此步骤为可选步骤，如果需要设置靶点
引用数据库或者导入数据到指定数据库 使用import命令引用数据库实例到当前所在项目或者导入数据到指定数据库。 命令结构 health import database instance <instance-id> [flags] 或者 health import db instance
理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，可以在左侧绘制分子，也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件：支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数：合成路径规划的路径数量。路径
快照方式制作镜像示例： 本示例中使用华为云弹性云服务器服务（ECS）创建一台云服务器，并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后，在云服务器列表页，选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”，输入ECS初始账号，登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 启动一个空白的基础容器，并进入容器。
文件创建成功后，将直接呈现Console页面。 图6 新建文件（Console） 上传文件 进入JupyterLab页面后，您可以单击左上角“Upload”快捷键，从本地选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个窗口同时打开几个Notebook或
开启该模式后，会占用上传和下载的双向带宽。 --fr -R 否 同步上传文件时生成结果清单文件。同步上传文件时该参数可选。 --arcDir -g 否 同步上传文件成功后的归档路径，上传成功后的文件会移动到该本地路径下。 --dryRun -y 否 测试模式运行，不执行实际的上传操作。 --link
导入数据库模板 使用import命令导入别的项目的数据库模板到当前项目，暂只支持导入单个模板。 命令结构 health import database template <template-id> [flags] 或者 health import db template <template-id>
导入流程 使用import命令从源项目导入流程到当前项目。 订阅和已导入的流程不支持再被导入到别的项目。 命令结构 health import workflow <workflow-name:version:source_project_name> [flags] 或 health
步骤2：获取Notebook基础镜像 步骤3：制作并上传镜像 步骤4：创建并使用Notebook 步骤1：安装容器引擎 在制作自定义镜像时，您需要准备一台安装有Docker的机器。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。
架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子：可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。
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