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配置命令行工具 医疗智能体平台命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。
启动一个空白的基础容器,并进入容器。 例如,启动一个CentOS容器。 docker run -it centos 安装依赖包。 yum -y install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-8.noarch.rpm yum
枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式
获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda.com/archive/index.html Anaconda Installer: https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022
如下所示。 https://iam.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v3/auth/tokens 为查看方便,服务每个具体API的URI,只给出resource-path部分,并将请求方法写在一起。这是因为URI-scheme都是HTTPS,而Endpo
ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID 项目ID通过调用查询指定条件下的项目信息API获取。 获取项目ID的接口为GET“https://{Endpoint}/v3/projects”,其中{Endpoint}为IAM的终端节点,可以从地区和终端节点获取。 响应示例如
响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 数据作业ID 请求示例 导入网上数据,数据链接为https://www.hhh.com/test.txt,目的目录为test。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{pro
枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式
下载类型(仅支持PRIVATE|PUBLIC) 枚举值: PRIVATE PUBLIC EXTRANET url 否 String 资源地址(支持https、obs地址) 最小长度:1 最大长度:2000 range_start 否 Long 指定下载对象的开始位置 最小值:0 最大值:9223372036854775807
文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 响应参数 无 请求示例 将外部文件https://files.rcsb.org/download/1TQN.pdb转为SDF格式。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug-common/t
调用说明 医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
-r cn-north-4 -o obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com -a xxx -s xxx -D https://xxx -q xxx –f -m xxx -e xxx -t xxx # 执行成功返回结果如下 add ak successfully
"url" : "https://files.rcsb.org/download/1TQN.pdb" } }, "ligand" : { "source" : "EXTRANET", "url" : "https://files.rcsb.org/download/1TQN
Windows: health import data https://eihealth-lmx-test-01-aad9f09b.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/test1.csv? https://eihealth-lmx-test-02-aad9f09b
enable_cold_archive Boolean 是否支持归档类型存储 public_bucket_path String 医疗智能体公共数据桶https路径 请求示例 查询系统配置列表 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/system/configs
询和下载相关信息。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html 对于pod配置,暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.
cn-north-4.myhuaweicloud.cn HTTPS 华东-上海一 cn-east-3 eihealth.cn-east-3.myhuaweicloud.com eihealth.cn-east-3.myhuaweicloud.cn HTTPS 华南-广州 cn-south-1 eihealth
枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式
资产封面图访问链接 create_time String 创建时间 update_time String 更新时间 请求示例 查询资产详情 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/assets/{asset_id}