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数据管理 数据管理简介 添加数据 数据管理常用操作 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
项目管理命令 获取项目 切换项目 创建项目 更新项目 删除项目 转移项目 添加项目成员角色 修改项目成员角色 移除项目成员的角色
如果进行了“靶点设置”,会自动加上相应靶点的“Binding Free Energy”才会计算对接结合能,并将对接结合能作为约束条件进行分子生成。 您可以通过“添加”来添加新的约束条件,也可以在操作列单击删除图标,删除约束参数。每个约束参数的含义参考相关参数。 强约束最多选择5个,仅Substructur
工具管理简介 新建应用 导入应用 上传应用 发布应用 编辑应用 创建FastQC应用样例 新建流程 流程设计器 导入流程 上传流程 发布流程 添加分类标签 下载应用或流程 父主题: 用户指南(基因平台)
项目审计管理 创建项目 获取项目列表 更新项目 删除项目 获取项目详情 更新或者添加项目成员角色 移除项目成员 转移项目 批量删除项目成员 获取项目审计日志追踪器 更新项目审计日志追踪器配置 获取项目审计日志 获取指定审计日志 下载近一万条审计日志 父主题: 项目管理
系统设置命令 获取系统标签 添加系统标签 删除系统标签 获取系统资源 购买计算资源 删除计算资源节点 修改计算资源 修改性能加速资源 查询消息及已完成作业保留设置 修改消息及已完成作业保留配置 获取供应商logo和名称设置 修改供应商logo和名称配置 获取系统配额信息 获取消息中心消息列表
称可以用默认的名称,也可自己更改一个名称。同时,若想比较好的方式管理输出文件,也可以自行指定输出路径。 图6 新建作业 在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。 图7 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果
//替换为实际的project name,如cn-north-4 } } } } 获取Token后,再调用其他接口时,您需要在请求消息头中添加“X-Auth-Token”,其值即为Token。例如Token值为“ABCDEFJ....”,则调用接口时将“X-Auth-Token:
Notebook使用文档,下方工具栏提供了常用的功能,能够满足常见的Python运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支持的常用快捷操作,从左到右分别为:保存文件、添加新Cell、剪切选中的Cell、复制选中的Cell、粘贴选中的Cell、将选中Cell上移、将选中Cell下移、运行选中的Cell、终止k
输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行优化,需要进行配置。最多可添加2个靶点。在添加靶点后,会进行单分子预对接,可查看Top1的对接打分与构象。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。
如下公共消息头需要添加到请求中。 表3 公共请求消息头 参数名 说明 是否必选 示例 Content-type 消息体的类型(格式),默认取值为“application/json”。 是 application/json 例如,对于获取用户Token接口,由于不需要认证,所以只添加“Con
2g,则低优先级的会先投递。但是两者都是1.8u1.8g,高优先级的先投递。 图1 新建作业 单击“确定”,进入启动作业页面。 (可选)在启动作业页面,可以通过,添加作业相关参数。 上传参数的模板可以通过单击进行下载。 如果流程设置了参数,作业上传的参数将会覆盖流程设置的参数。 单击“启动作业”。 父主题:
上传失败可能原因 镜像命名不规范 镜像版本不存在 上传镜像数量超出配额 待上传项目不存在 对于--description 参数,当描述中带有空格时,需要添加引号来获取完整的描述信息。 父主题: 镜像管理命令
配体二选一。仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 标记位点:3D可视化区域选择位点,再单击右侧标记位点的“+”添加。最多可添加50个生长位点。 单击下一步,配置其余参数 分子量:自适应和手动输入。自适应模式下平台根据药物分子的分子量分布进行分子设计。手动输入
以修改项目描述,退出项目。操作员可以退出项目。 删除项目后数据、作业会同步删除,删除项目不可逆,请谨慎操作。 成员管理 在成员管理页面可以添加或者移除访问该项目的成员。 图3 成员管理 数据审计 平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户
用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像,防止查询出全部镜像,可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。 查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。 复制上一步查找到的fastqc的id。利用docker
用、安全可靠的镜像管理。单击项目名称,进入所选项目,在“镜像”页签中,以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件
在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发条件,就会在平台自动运行,并在分析任务列表添加一条记录。 创建自动作业 在“作业”页面左侧,单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。 设置作业基本信息,包括“名称”、
是否删除原数据。如果选择删除原数据,系统会在归档完成后统一删除已归档数据。归档后的数据可在归档中心查看或恢复。 在归档过程中请不要对归档的文件或者文件夹进行添加、更改操作,以免造成您的数据损失。 选择归档数据 选择该项目下需要归档的数据。 单击“确认”,进行归档。 归档操作将记录在“归档”页面,您