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示获取notebook详情。 --url -u 否 获取打开notebook的地址。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
B,统计时显示已选择90个用户。 如果导入后用户状态显示异常,需联系技术支持处理。 单击“下一步”,设置角色。设置是否为“系统管理员”。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户,不支持删除,只支持移除,移除后不影响该用户操作其他服务。
一个名称。同时,若想比较好的方式管理输出文件,也可以自行指定输出路径。 图6 新建作业 在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。 图7 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 查看方法与方式1相同。
操作步骤 单击“操作”列“转移”。 图5 转移项目 选择项目交接的用户。 单击“确认”,转移项目。 设置项目存储容量 平台支持项目管理员以上角色,配置项目的最大存储量。 单击项目名称,在项目页面选择“设置”。 在项目详情页面,单击“已用存储量”后面的。 图6 设置存储容量 开启容量限制开关后,设置最大存储量。
单击“下一步”,设置角色。 角色:支持管理员和操作员两种角色,默认为操作员。权限描述可以参考表2。 用户资源配额:设置用户的个人资源配额。详细请参考个人资源配额。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户,不支持删除,只支持移除,移除后不影响该用户操作其他服务。
设置picard-insertsize输入数据 若是想查看已经设置好的参数,可以按照下图步骤进行查看,同时若发现指定的参数有问题,也可再此处进行删除参数。 图11 删除参数 配置好参数后变可以单击右上角“启动作业”按钮进行启动作业,同时会跳转回作业列表。 图12 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 在
分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 params SynthesisParamDto object 合成路径规划作业配置。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称,取值范围:[1,
install 按Esc键,并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10 . 制作gatk-haplotypecaller镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1
有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像
受体文件。 ligand TargetOptLigand object 配体文件。 md_params MdParam object MD参数配置。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称,取值范围:[1,
ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5
EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导,请参见Jupyter Notebook使用文档。
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题: 用户指南(基因平台)
镜像管理 镜像管理简介 导入或上传镜像 安装容器引擎 获取镜像 制作Docker镜像 上传镜像到SWR镜像仓库 发布镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
合物发现,先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速,大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件安装调试成本,开箱即用,随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务,将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
月。 单击“下一步”,确认订单详情。 单击“立即购买”,并支付订单,完成服务购买。 购买成功后,需要大约30分钟时间完成服务自动部署,请耐心等待。部署完成后,您可以使用注册的华为账号使用医疗智能体平台。 父主题: 准备工作
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Repository for Container,简称SWR)是一种支持镜像全生命周期管理的服务,提供简单易用、安全可靠的镜像管理功能,帮助您快速部署容器化服务。 医疗智能体使用SWR存储工具镜像,包括内置工具及自定义工具的存储。