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作业管理 作业管理简介 创建作业 管理作业 查看执行结果 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
靶点发现 靶点口袋发现 靶点优化 父主题: 功能模块
EIHealth平台 应用场景 基本概念
系统设置 您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息列表,查询和修改消息及完成作业保留配置,也可以获取和修改供应商logo、名称设置。 项目管理 您可以使用该工具获取、切换、创建、更新、删除和转移项目,也可以添加、修改、移除项目成员角色。 数据管理 您可以使用该工具查看
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应
txt结尾的任意文件。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。如果待上传的对象名匹配该参数,则跳过该对象的上传。 建议使用引号传递该匹配模式( macOS/Linux操作系统使用单引号,Windows操作系统使用双引号)防止特殊符号被操作系统转义,导致不可预期的结果。
txt结尾的任意文件。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。如果待下载的对象名匹配该参数,则跳过该对象的复制。 建议使用引号传递该匹配模式(macOS/Linux操作系统使用单引号,Windows操作系统使用双引号)防止特殊符号被操作系统
约束限制 当前Nextflow相关特性仅为公测版本,部分功能暂不支持,因此存在如下限制约束。 流程使用的镜像和数据需要按照医疗智能体(EIHealth)平台的规范进行上传 推荐通过eihealth-toolkit进行上传。eihealth-toolkit介绍详见什么是医疗智能体e
将不能进行资源访问,保留期内资源处理和费用详见“保留期”。保留期满仍未续订或充值,数据将被删除且无法恢复。 当平台处于冻结状态,且资源不再使用,您可以进入EIHealth控制台,在操作列的“更多”中手动删除或释放平台。 图1 删除平台(按需计费) 图2 释放平台(包年包月计费) 父主题:
在API栏选择需要使用的服务,单击操作列的“开通服务”。 服务开通成功后,开通状态为“已开通”。 “开通服务”按钮置灰,说明您尚未认证,请先实名认证。 开通医学影像API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华南-广州”。 在API栏选择需要使用的服务,单击操作列的“开通服务”。
添加分类标签 为了方便分类查看创建的应用和流程,您可以使用分类标签功能,筛选呈现带有相同标签的应用或流程。 在“工具”页面左侧,单击图标新建分类标签。 在添加分类标签弹窗中,输入“名称”,勾选需要呈现的标签名称。最多可以勾选5个标签。 图1 添加分类标签 勾选完成后单击“确定”。
user-tutorials 使用docker tag命令给要上传的镜像打标签 # user-tutorial是项目名称 health docker tag pegi3s/fastqc:latest user-tutorials/fastqc:latest 使用docker push命令将镜像上传至EIHealth平台。
EIHealth提供的基础镜像包制作自定义镜像,并上传至平台。您可以在EIHealth平台“开发环境”中使用此自定义镜像创建Notebook。 创建Notebook时,如果使用自定义镜像。该自定义镜像,需要基于EIHealth平台提供的基础镜像进行制作。 父主题: 镜像管理
包信息。 资源包到期后,按需资源不会自动关闭,将会以按需付费的方式继续使用。 超出套餐包部分的用量,将会按需收费。 若平台先到期,套餐包还没到期,则不退套餐包剩余的费用。如果平台续费成功后,套餐包可以继续使用。 资源包不能抵扣已经产生的用量。 父主题: 准备工作
创建子用户 使用管理员账户登录盘古辅助制药平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 创建完成后,单击“确认”。 父主题: 用户管理
删除镜像标签 使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除,即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系,即只删除数据库记录。 命令结构 health docker
式。 通过功能模块创建 通过作业中心页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“功能模块”创建 在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建 新建作业 单击“新建”,在新建作业页面选择对应的模块。
resources 否 TaskResourceDto object 应用申请资源 io_acc_type 否 String 子任务使用的IO加速实例类型,不填表示不使用; 最小长度:0 最大长度:128 表5 TaskParameterDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String
到这里为止这个请求需要的内容就齐全了,您可以使用curl、Postman或直接编写代码等方式发送请求调用API。对于获取用户Token接口,返回的响应消息头中“x-subject-token”就是需要获取的用户Token。有了Token之后,您就可以使用Token认证调用其他API。 父主题:
创建子用户 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 填写必填信息。必填信息包括“用户名”、“角色”、“密码”。 “角色”分为管理员和操作员。权限区别请参见表