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筛选。 单击“分子对接”功能卡片,进入分子对接受体预处理页面,单击上传受体文件,进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式,若文件中存在多个受体,默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件,最多支持输入20个受体文件,文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1
your own project. 检查导入列表中是否包含本项目资源。 400 eihealth.01040008 Duplicate templates are selected for importing. 检查导入模板列表中是否有重复的模板。 400 eihealth.01040010
方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通
理员或操作员权限。不同用户权限如表 用户权限所示。 表2 用户权限 用户角色 权限说明 管理员 拥有平台所有的权限,并进行用户管理,在平台添加子用户,以及对资源管理权限,包含有存储计算资源的购买和删除,自动扩缩容的策略配置权限。 操作员 拥有除用户管理、系统设置、设置商标、购买系统资源之外的所有权限。
保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 单击“确定”,保存作业信息。 配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置
使用Docking Summary流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“Docking Summary”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。 订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。 步骤2:上传待分析数据 您在使用Docking S
是 IAM终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --health-endpoint -e 是 EIHealth终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-endpoint -o 是 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path
K对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”,按操作指引获取认证账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。
K对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”,按操作指引获取认证账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。
mqc、picard-insertsize、gatk-markduplicates应用,并使用鼠标拖拽至画布中。 将bwa-mem的输出参数sorted-bam与步骤4中三个应用的输入参数bam-file相连。 图3 bwa-mem、qualimap-bamqc、picard-i
Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。 FROM broadinstitute/gatk:4.1.9.0 RUN apt-get update RUN apt-get install -y parallel 按Esc键,并执行:wq退出Dockerfile。 制作镜像。
pdb格式文件,最多上传100个靶点文件,如果上传多聚体靶点,仅解析第一条链,每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID,最多输入100个PDB ID,用逗号或换行方式隔开;不区分大小写;如果输入多聚体靶点,仅解析第一条链;每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。
以执行删除和追加数据操作。数据库状态介绍如下: 可用:数据库正常,可以进行分子搜索使用。 等待中:数据库创建任务正在等待。 创建失败:数据库创建失败。 创建中:数据库正在创建。 追加中:数据库正在追加,此时数据库可以正常使用,搜索的数据库是正在追加过程的数据库。 异常:数据库异常
地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,当数据大于40G时作业会投递失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,作业将数据copy至云硬盘后,数据变大了4096byte,导致作业投递失败。
式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用为按需计费,计费详情请参考OBS流量费用中“公网流出流量 / 00:00-08:00(闲时)”和“公网流出流量 / 08:00-24:00(忙时)”。 变更配置 EIHealth平台
便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 使用限制 EIHealth平台兼容最新版本的Edge或Chrome浏览器。 基因平台在升级过程中不支持资源购买、删除。
药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务
使用RNA-Seq流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“RNA-Seq Analysis Based on STAR”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。 订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。 步骤2:上传待分析数据 您在使用R
步骤1:订阅流程 使用NGS流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“Variant Calling Based On NGS”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。 订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。 步骤2:上传待分析数据 您在使用NG
名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 auto_job_id 是 String 自动作业id 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2