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批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流，一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化链接各应用，指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台，创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
药物虚拟筛选 计算机辅助药物虚拟筛选是新药早期研发的重要环节，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析，从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物，从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚
在“数据”页面，使用“复制”，将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹，以及数据存储路径，单击“确认”，复制数据。 例如，将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据
欢迎使用盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台是以盘古药物大模型为基础打造的一站式药研平台，助力药物研发效率提升60%+。平台提供靶点发现，苗头化合物发现，先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速，大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件
镜像管理简介 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台
作业执行超时时长，取值范围: [1, 144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则已指定路径为准;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾
创建靶点口袋发现作业 功能介绍 创建靶点口袋发现作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
Integer 作业执行超时时长，取值范围: [1, 144000]，单位：分钟，默认数值1440 output_dir String job结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则已指定路径为准; output_dir_type String 输出路径的类型
创建靶点优化作业 功能介绍 创建靶点优化作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
靶点口袋分子设计 基于盘古药物分子大模型，靶点口袋分子设计功能主要是能够根据给定的口袋和小分子利用AI的预测出更优小分子。 单击“靶点口袋分子设计”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面上选择设计方式 设计方式：支持侧链修饰、骨架跃迁、片段生长和从头生成四种方式。 侧链修饰：会在不
查询靶点口袋发现作业详情 功能介绍 查询靶点口袋发现作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection/{job_id} 表1 路径参数
作业执行超时时长，取值范围: [1, 144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾
构造请求 本节介绍REST API请求的组成，并以调用IAM服务的获取用户Token接口来说明如何调用API，该API获取用户的Token，Token可以用于调用其他API时鉴权。 您还可以通过这个视频教程了解如何构造请求调用API：https://bbs.huaweicloud
药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务
查询靶点优化作业详情 功能介绍 查询靶点优化作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization/{job_id} 表1 路径参数 参数
创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台，在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签，单击“新建研究”。
Notebook安装Conda指导 打开Notebook，在“File”页签下选择“Terminal”。 图1 选择Terminal 下载和安装Anaconda。 获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda
方式3：自定义镜像运行FastQC流程 应用是运行作业的最小单位，每个应用依托于一个镜像进行创建。 方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像，并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像，并基于镜像创建应用，运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件，往往由于不
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