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指定具体文件进行拷贝,将src2中的abc.txt文件拷贝至src1中。 health cp /src2/abs.txt /src1/ -f # 返回结果如下 copy project file successfully! 不指定具体文件进行批量拷贝,将src1中的所有文件拷贝至src2中。 health
分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
流程配置文件说明 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程
为什么下载的部分靶点文件,显示不完整 由于molstar插件自身问题,部分靶点文件中存在REMARK行,会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Vie
管理作业 作业状态 运行中:作业创建成功,执行中。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 失败:作业运行失败。可单击作业名称,进入详情页查看运行失败原因。失败的作业允许重试、删除、克隆。 成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。成功的作业允许删除、克隆。
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包 在“资源中心>存储资源”中可以查看存储使用量等信息。 图2 存储资源信息 购买功能调用套餐包
、批量重试、批量导出。 作业执行状态如下所示。 等待中:作业创建成功,等待处理中。当作业在等待中,task状态全是unknown,时间条显示灰色。 运行中:作业创建成功,执行中。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。
地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,当数据大于40G时作业会投递失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,作业将数据copy至云硬盘后,数据变大了4096byte,导致作业投递失败。
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
允许出现中划线、下划线、字母和数字。 标签:选择流程标签,最多可添加5个。 描述:设置流程相关描述。 单击“下一步”,添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包,则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf,为压缩文件夹中的文件完整路径。例如:main
ook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作,即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据,会同步到Notebook中,Not
创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。
--project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 如果同时使用yaml模板和参数命令对描述、标签等参数进行了修改,最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,需使用""括起来。 如果特殊字符中包含了双引号,需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令,例如:
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,以列
在“项目管理”页面“作业”页签中,以列表形式展示了项目中运行的分析作业和运行状态。您可以查看分析作业名称、标签、所使用的流程名称、版本、运行状态、创建者、创建时间、完成时间和总耗时。并可对作业执行重试、取消、删除、克隆、导出操作。对于列表中的作业,支持通过作业名称、流程名称、
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
场景5:并发投递多个作业后,部分作业运行失败,日志中显示IO读写相关错误。 场景6:作业投递后运行失败,日志显示File name too long。 场景7:同时复制多个文件,日志中显示cp: will not create hard link相关错误信息。 场景1 作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败。