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如果执行NGS批量任务时需要变更不同的原始数据、参考基因序列、测序平台、文件前缀等,请参考上述批处理文件示例,将需要变更的数据补充完整。 .bat批处理文件需要和命令行工具放在同一路径下,同时,命令行工具需为登录状态。 NGS配置文件示例 NGS作业由十个Task执行完成,本示例以fastp和bwa-mem两个Task为例,介绍
是否必选 说明 project-name 无 是 项目名称。 --description -d 否 项目描述。 -tags -t 否 项目标签,多个标签使用分号(;)分隔。 --policy -p 否 设置项目级数据权限策略。 用数字0和1表示关闭和打开,以data-share、dat
最小值:1 最大值:128 缺省值:1 gpu 是 Float notebook占用的gpu,0.1为使用单卡10%,1为占满单个显卡,1+为使用多个显卡 最小值:0 最大值:16 缺省值:0 memory 是 Float notebook占用的内存,单位为"G" 最小值:2 最大值:512
-e 否 常用的三种分隔符为(;,\t),也可以根据导入数据的文件格式设定其他分隔符。 --files -f 否 生成实例数据的文件列表,多个文件用分号(;)分隔。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍e
支持标记为已读和批量标记为已读 如果需批量标记已读,可以勾选多个未读的消息,单击“标记已读”。 图3 批量标记已读 支持删除和批量删除 如果删除单个消息,可以单击消息后面的进行删除。 图4 删除单个消息 如果批量删除消息,可以勾选多个消息后,单击“批量删除”。 图5 批量删除消息 表1 系统消息
流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义,流程至少由一个应用组成。 您可以使用该工具创建流程,并进行修改、删除、查询、导入操作。对于由多个应用构成的流程,可通过设置不同应用的输入、输出关系搭建为流程。 作业管理 您可以使用该工具启动分析作业,并进行查询、删除、重试、取消操作。
参数 简写 是否必选 描述 --ids -i 否 要导出的id列表,使用job-id导出作业时必选。 job-id 无 否 作业id。 导出多个job-id时,用分号(;)隔开。 格式:id1;id2;id3。 --file -f 否 要导出的id列表文件,使用job-id文件导出作业时必选。
为查看方便,服务每个具体API的URI,只给出resource-path部分,并将请求方法写在一起。这是因为URI-scheme都是HTTPS,而Endpoint在同一个区域也相同,所以简洁起见将这两部分省略。 请求方法 HTTP请求方法(也称为操作或动词),它告诉服务你正在请求什么类型的操作。 表2 HTTP请求方法
前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存
项目名称,不填时默认为当前所在项目。 --description -d 否 项目描述。 只有项目所有者和管理员能修改。 --tags -t 否 项目标签,多个标签使用分号(;)分隔。 只有项目所有者和管理员能修改。 --policy -p 否 设置项目级数据权限策略。只有项目所有者能修改。 用数
--storage-path -s 是 notebook存储路径。 包含本项目桶最多挂载6个,不包含本项目桶最多挂载5个。 格式为ProjectName:/path,多个路径用分号(;)隔开。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍e
前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存
最小长度:1 最大长度:120 数组长度:1 - 8 exclusive Boolean 是否排除子结构。 operator String 多个子结构之间的逻辑关系。 枚举值: or and 表13 InteractionConstraintDto 参数 参数类型 描述 interactions
最小长度:1 最大长度:120 数组长度:1 - 8 exclusive 是 Boolean 是否排除子结构。 operator 否 String 多个子结构之间的逻辑关系。 枚举值: or and 表12 InteractionConstraintDto 参数 是否必选 参数类型 描述 interactions
最小长度:1 最大长度:120 数组长度:1 - 8 exclusive 是 Boolean 是否排除子结构。 operator 否 String 多个子结构之间的逻辑关系。 枚举值: or and 表12 InteractionConstraintDto 参数 是否必选 参数类型 描述 interactions
-t 否 超时时间。运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟。 --labels -l 否 标签。多个标签使用;符号分隔开。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,
Array of strings 子结构SMILES exclusive 是 Boolean 是否排除子结构 operator 否 String 多个子结构之间的逻辑关系 缺省值:or 枚举值: or and 表6 BindingSite 参数 是否必选 参数类型 描述 protein 否
--columns -c 否 当某个数据库实例列数非常多时,查看数据时会由于机器显示界面限制导致换行难以查看,添加此参数可以只显示想要查看数据的列名,多个列名用分号隔开(;),只有在--data参数使用时才生效。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
最小长度:1 最大长度:120 数组长度:1 - 8 exclusive Boolean 是否排除子结构。 operator String 多个子结构之间的逻辑关系。 枚举值: or and 表13 InteractionConstraintDto 参数 参数类型 描述 interactions
服务器成功处理了部分GET请求。 207 Multi status 批量操作部分成功部分失败 300 Multiple Choices 多种选择。请求的资源可包括多个位置,可返回一个资源特征与地址的列表用于用户终端(例如:浏览器)选择。 301 Moved Permanently 永久移动,请求的资源已