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最小长度:1 最大长度:32768 表3 FormData参数 参数 是否必选 参数类型 描述 workflow_file 是 File 流程文件,文件大小[0,10M] name 是 String 流程名称,取值范围[1,56],允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)和下划线(_)。更新流程时,流程名称不支持修改。
数据管理 创建文件夹 查询数据列表 获取桶存量信息 复制项目数据 导入项目数据 导入网上数据 引用项目数据 订阅资产市场数据 上传数据文件 批量删除项目数据 获取桶列表 查询项目级数据权限控制策略 设置项目级权限控制策略 获取数据详情 设置数据对象策略 发布数据资产 父主题: 数据管理
String 数据库文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 数据库文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 包含本项目桶最多挂载6个,不包含本项目桶最多挂载5个。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。
模型数据文件来源。 枚举值: public private url 是 String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id 否 String 模型文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
--simple -s 否 以精简格式显示查询结果,返回结果只包含对象名。 --recursive -r 否 递归列举本项目文件夹中的所有文件和子文件夹。 --v -v 否 列举桶内多版本对象,列举结果包含最新版本的对象和历史版本的对象。 --marker -M 否 列举桶内对
2022-12-23 18:15:01 2022-12-23 18:16:02 20 COLD fsfss region01 fe67eeaf-68e6-4ed5-9245-a48340a9efba
PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1
支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。 大分子支持PDB编号自动下载。 相互作用的可视化。 支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。 结构叠合,将不同结构叠合在一起,用于比较结构差异。 输出指定蛋白口袋的位置及大小,用于分子对接。 导出不同分辨率的图片文件。 播放与制作分子动力学轨迹动画。
平台也提供了yaml格式的数据库模板,您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用,数据库模板支持yaml或yml格式,且文件大小不能超过10M。 导入方式选择“上传”,单击“下载示例文件”下载数据库模板示例,编辑后上传模板文件至平台,单击“确定”。 图2 上传模板 模板示例如下: database: name:
String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。
workflow_file String 流程的文件名 workflow_file_url String 流程的文件名下载地址 main_file String 主文件名 params_file String 用户上传时使用的参数文件名 params Array of NextflowParamsDto
据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据 配体文件:小分子化合物SMILES结构式文件。 受体文件:蛋白3D结构PDB文件。 RNA-Seq测试数据及参考基因组数据集 RNA-Seq-Dataset数据集包含RNA-Seq分
您可以将数据发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称,进入项目管理页面,选择“数据”页签。 选择需要发布的数据或者文件夹,单击“操作”列的“更多>发布”。 图1 发布数据 在发布页面,填写发布数据的相关信息。 表1 发布数据参数说明 参数 说明 名称 发布
在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子:可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。 选择算法:可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tanim
最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 num_trials Integer 生成分子数量。 最小值:0 最大值:5000 initial_dataset_size
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1
单击具体的每个应用,可以查看每个应用的运行信息:输入输出,节点参数,应用以及日志等信息。 单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。 图14 查看应用信息 图15 查看输入、输出数据位置 单击输出参数路径,可以跳转至输出文件位置。 图16 获取输出数据 父主题: 运行作业
NextflowJobReportFile objects 作业报告文件列表 表4 NextflowJobReportFile 参数 参数类型 描述 name String 报告文件名 最小长度:1 最大长度:1024 download_url String 报告文件下载地址 最小长度:1 最大长度:1024