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系统管理 计算资源扩缩容 计算资源管理 数据库资源管理 用户管理 作业清理配置 标签管理 消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题: API(医疗智能体平台)
描述:参数描述,此参数为非必填项。 操作:可以单击操作列“删除”,删除对应的参数。 图2 配置流程参数 参数配置完成后,单击“保存”。 流程创建成功后,单击“保存并启动作业”,或者在流程管理页面,单击流程列表操作列的“启动作业”进入作业设置页面,配置作业的相关信息,具体可参考新建作业。 父主题: Nextflow
步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health
task输出子目录,默认为空时,自动生成task-name子目录,允许在workflow中配置 inputs: # 输入参数配置,默认覆盖workflow、app中同名配置 - name: 'input_name1'
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强: 单一可执行文件,方便拷贝与安装。 支持多操作系统,包括Windows、Linux(支持CentOS 7及以上版本和openEuler 20.03 LTS - openEuler
购买计算资源 删除计算资源节点 修改计算资源 修改性能加速资源 查询消息及已完成作业保留设置 修改消息及已完成作业保留配置 获取供应商logo和名称设置 修改供应商logo和名称配置 获取系统配额信息 获取消息中心消息列表
com/eihealth/admet:2.0.0' } 暂不支持用户设置部分Nextflow配置项 对于dag, timeline, report,,trace配置,医疗智能体(EIHealth)平台会默认开启并且指定相关路径,会覆盖用户侧配置,可以在作业详情页面查询和下载相关信息。相关信息可参考https://www
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
下载单个对象时可指定的对象版本号。 --ps -s 否 每个分段下载任务的段大小,单位:字节,默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd
分子生成基于盘古药物分子大模型,对初始数据集进行采样,多目标、多方向的快速生成新颖且与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“分子生成”功能卡片,进入配置页面。 输入初始数据集,有两种输入方式: 选择文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件; 小分子支持10-10000个。如果没有
对于执行失败的作业,鼠标点击作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。 作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个task可以打
-s 否 每个分段移动任务的段大小,单位:字节,取值范围是100KB~5GB,默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd
用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
式(此时Cell中有光标,可以进行代码编写)。在命令模式下,按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下,按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。 删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹,您可以在“Files”列
failed}_report_时间_TaskId.txt。单个结果清单文件默认情况下最大为30MB且最大可保留的文件个数为1024,可在配置文件中通过recordMaxLogSize和recordBackups分别配置。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。
助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详
-s 否 每个分段上传任务的段大小,单位:字节,取值范围是100KB~5GB,默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。 支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd
查看节点执行规则 图7 查看节点伸缩历史 图8 查看关联节点列表 配置缩容策略 缩容策略只支持统一配置,且不会对手动购买的计算资源节点缩容。 在平台右上角用户名中选择“系统资源>计算资源>节点伸缩策略”。 单击“配置缩容策略”。 图9 配置缩容策略 表2 缩容策略参数说明 参数 说明 空置时间
传受体文件,进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式,若文件中存在多个受体,默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件,最多支持输入20个受体文件,文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1 上传受体文件 受体预处理参数配置。 去水:去掉受体蛋白里面的水分子。