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基础配置:选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”,输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs | 8GB”,不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储:建议选择“超高I/O”。
在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件 在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发
获取数据库列表 功能介绍 获取数据库列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug/databases 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除,即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系,即只删除数据库记录。 命令结构 health docker rmi <project-n
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE,产生自动化FEP工作流,端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配
出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路径规划的路径
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/databases/{database_id}/data/{row_num} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/databases/{database_id}/data 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/databases/{database_id}/data 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/databases/{database_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在
"source_database_id": "e06f784f-c561-4323-92cd-....", "destination_database_id": "0589ab48-d685-483f-92b7-....", "destination_database_name":
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
项目是盘古辅助制药平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据和创建作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 您可以创建项目,并向其中上传数据、创建作业。 在“项目列表”中,展示了当前用户有权限访问的项目。 图1 项目列表 查看项目信息 项目信息中提供了项目设置,成员管理,数据审计,您可以通过如下方式查看。
应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时
导入方式选择“项目”,选择项目名称,勾选需要导入的模板,可以在“导入模板名称”中修改模板名称,单击“确定”。 图1 从其他项目导入模板 平台也提供了yaml格式的数据库模板,您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用,数据库模板支持yaml或yml格式,且文件大小不能超过10M。 导
Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序 Score:代表优化后小分子的综合打分。 Similarity:代表优化后的分子与原始分子的相似度。 QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。
oken的值即为Token。 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 作业总数 jobs Array of StudyJobRsp objects 作业列表 表4 StudyJobRsp 参数 参数类型 描述 id String
取值范围:输入字符最大长度为255 最大长度:255 database_id 是 String 自动作业依赖的数据库ID 最小长度:1 最大长度:128 database_column 是 String 自动作业状态更新列 最小长度:1 最大长度:55 database_column_type 否 String
失败原因,当自动作业执行失败时会返回,比如依赖的数据表,流程不存在等等 user_name String 自动作业的创建者 tool_info ToolInfoDto object 作业依赖的组件信息 database_id String 自动作业依赖的数据表ID database_name String 自动作业依赖的数据表名称