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获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 平台ID 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
--crr -c 否 复制时使用客户端跨区域复制模式,从通过数据流的方式从源桶直接复制数据到目标桶,且两个桶可以是任意两个OBS服务的桶。 若设置了该参数,必须确保更新了配置文件中客户端跨区域复制的相关配置信息,具体可参考更新配置文件。复制时源桶对应的配置信息为配置文件中的:akCr
强制操作,不进行询问提示,批量下载时可选。 --flat -l 否 批量下载时,不包含上一级父对象名前缀,批量下载时可选。 --update -u 否 增量下载操作,设置该参数后,下载每个文件时会比对本地的文件,仅在以下情况时下载数据: 文件不存在。 下载文件大小与本地文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。
使用绝对路径即可,如:health ls /abc/。 --limit -l 否 列举查询结果的最大个数,小于等于0表示列举所有结果,不设置时默认为最大值1000。 引用数据会列举全部,不受该参数影响 。 --simple -s 否 以精简格式显示查询结果,返回结果只包含对象名。
强制操作,不进行询问提示,批量下载时可选。 --flat -l 否 批量下载时,不包含上一级父对象名前缀,批量下载时可选。 --update -u 否 增量下载操作,设置该参数后,下载每个文件时会比对本地的文件,仅在以下情况时下载数据: 文件不存在。 下待载文件大小与本地文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。
\ && apt-get install -y default-jre perl wget zip # 下载FastQC,解压缩,设置FastQC可执行权限 RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0
强制操作,不进行询问提示,上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时,只上传该文件夹下的所有内容,上传文件夹时可选。 --update -u 否 增量上传操作,设置该参数后上传每个文件时会比对平台数据路径中的文件,仅在以下情况时上传数据: 文件不存在。 待上传文件大小与平台文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。
取值范围[1,63],仅支持小写字母、数字、中划线(-),开始只能是小写字母,结束只能是小写字母或数字。 --description -d 否 描述。长度范围为[0,1024]。 --image -i 是 notebook镜像,支持PY3或者指定项目中镜像(格式为SourceProjectN
移动时,不包含上一级父对象名前缀。批量移动时该参数可选 。 --dryRun -y 否 测试模式运行,不执行实际的移动操作。 --update -u 否 增量移动操作,设置该参数后,移动每个源对象时会对比目标桶中对应路径的目标对象,仅在目标对象不存在,或者目标对象大小与源对象大小不一致,或者目标对象的最后修改
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
消息中心管理 获取消息列表 统计消息信息 获取用户邮件配置 设置用户邮件配置 邮箱连通性测试 获取消息邮件配置 设置消息邮件配置 删除消息邮件配置 获取消息清理规则 设置消息清理规则 获取通知消息列表 批量删除通知消息 批量更新消息 父主题: 系统管理
toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,提示Permission denied,使用chmod 755 health命令设置执行权限。 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,提示Permission denied,使用chmod 755 health命令设置执行权限。 父主题: 配置命令行工具
bd_logo1.png /opt/ #设置环境变量 ENV WEBAPP_PORT=9090 #设置工作目录 WORKDIR /opt/ #设置启动命令 ENTRYPOINT ["ls"] #设置启动参数 CMD ["-a", "-l"] #设置卷 VOLUME ["/data"
系统配置和供应商配置 查询系统配置列表 获取供应商配置 设置供应商配置 获取跨域归档配置 修改跨域归档设置 父主题: 系统管理
修改用户基本信息 删除用户 预验证 获取可用的认证方法 修改密码 新用户重置密码 更新用户角色 最终租户修改子用户 发送验证码 更新用户设置 查询用户设置 父主题: 系统管理
由于molstar插件自身问题,部分靶点文件中存在REMARK行,会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将
MD:平衡步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤50ns,默认是50ns。 配置作业配置,单击“提交”。 名称:设置作业名称。 标签:设置作业标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 图2 设置靶点优化MD配置页面 查看靶点优化结果 单击作业名称,进入作业结果页面,拟时结果根据构象RMSD聚类。
作业清理配置 获取作业配置 设置作业配置 父主题: 系统管理
节点标签管理 设置节点标签 获取节点标签集 获取节点标签集 获取预置标签列表 父主题: 系统管理