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上传对象时,支持断点续传功能,本地因此可能会残留上传异常产生的文件,可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时,本地生成的断点目录。 命令示例 本节以Windows为例介绍e
在项目中,成员可以划分为5种不同的角色。详细角色介绍请参考表 项目成员角色。 表1 项目成员角色 角色 说明 创建者 拥有项目全部操作:成员导入、转移项目、删除项目等。 管理员 除了不能转移项目、删除项目,其他都可以比如导入成员。 操作员 不能转移项目、删除项目、导入成员,其他都可以。 项目列表中只显示您所在的项目。
超时时间。运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟。 --priority -p 否 优先级,[0,9],9代表最高,0代表最低,默认为0,优先级高的作业会被优先执行。 --name -n 否 作业的名称。 通过流程ID(workflow id)启动作业时,必选。
管理员,项目转移后,原用户角色由所有者转变为管理员。 分享:将项目分享给其他用户,并设置项目角色。项目分享后,项目将出现在被分享者的项目列表中。 删除:删除项目。需先冻结项目,才能执行删除操作。 恢复:删除的项目在删除后6天内都可以恢复成“可用”或者“冻结”状态。 图1 项目管理
功能。 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。
archive-region <archive-region> # 命令中的archive-region可替换为backup-region 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-region 无 是 归档区域。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihea
最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 总数 resources Array of ComputingResourceRsp objects 计算资源列表 表4 ComputingResourceRsp
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/datas/bucket-storage 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。
份的正确性。 您在使用命令行工具时,需要使用AK/SK进行身份验证。 操作步骤 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”,按操作指引获取认证账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 文件夹名称 最小长度:1 最大长度:2000 parent_folder 否 String 所在文件夹 最小长度:0 最大长度:2000 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数
创建子目录 使用mkdir命令,在当前目录下创建子目录,此命令不支持在引用的项目中创建子目录。 命令结构 health mkdir <name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 无 是 子目录的名称。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。
在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”>“存储资源”。 在存储资源页面选择“套餐包”,单击“购买存储套餐包”。 图1 购买存储套餐包 填写套餐包的信息。 表1 参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包、归档存储包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。归档存储
String 子任务名称 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 task_index 否 String 子任务的并发序号 缺省值:0 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表3 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id}/cluster 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
storage_quota Long 项目数据容量配额,-1表示无容量限制 表4 ProjectRoleRsp 参数 参数类型 描述 role_type String 项目角色名 users Array of BindUserRsp objects 项目成员列表 表5 BindUserRsp 参数 参数类型
在您购买了平台后,所属账户即为平台的管理员账户。可以使用“用户管理”功能,创建子用户,并给子用户分配管理员或操作员权限。不同用户权限如表 用户权限所示。 表2 用户权限 用户角色 权限说明 管理员 拥有平台所有的权限,并进行用户管理,在平台添加子用户,以及对资源管理权限,包含有存储计算
get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。
cfs和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前,请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。
get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。
fastqc命令进行搜索镜像。 若dockerhub上没有想要的镜像,可以利用基础的操作系统镜像进行构造,构造方式请参见用户指南。 选择和获取镜像。 搜索到的镜像列表中选择一个fastqc镜像进行pull,这里我们选择pegi3s/fastqc。 pull镜像。 若该镜像没有lastest版本则需进入dockerhub官网进行查询。