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应用名称 说明 fastqc 对测序得到的fastq数据进行质控。 trimmomatic 使用trimmomatic工具去掉测序接头，得到去接头后fastq格式的reads。 star 使用STAR比对工具将去接头后的reads比对到参考基因组，得到bam文件和多种格式的统计报告。
分子优化 分子优化基于盘古药物分子大模型，以参考化合物为起点，针对给定的期望理化性质，得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”，进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节
删除数据库实例 使用delete命令删除数据库实例。 命令结构 health delete database instance <instance-id> [falgs] 或者 health delete db instance <instance-id> [falgs] 表1 参数说明
最终租户可以编辑子用户角色、手机号、邮箱。 系统管理员只能编辑角色，非系统管理员无编辑权限。 图3 重置用户信息 重置密码 最终租户在用户管理页面，可以重置用户的密码。在用户操作列，单击“重置密码”，重置用户的密码信息。 图4 重置密码 父主题： 用户管理
设置”，重置其他用户的邮箱、手机和密码信息。 单击“重置邮箱”后，可以选择清除邮箱或绑定新邮箱。 单击“重置手机号”后，可以选择清除手机号或绑定新手机号。 单击“重置密码”后，输入新密码和确认密码。用户密码重置成功后，首次登录成功需要再次修改密码。 父主题： 用户管理
> 应用”页签，单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据，如果需要批量执行NGS分析，可以选取以下任意一种方式进行批量执行： 方式一：对于输入参数，打开“并发”开关，在启动作业时，每个
Source database {0} does not exist. 检查引用的数据库id是否正确。 500 eihealth.01040037 Database service is not available now. Please check the database resource
基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。
更新药物数据库 功能介绍 更新药物数据库。 URI PUT /v1/{project_id}/drug/databases/{database_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1
源项目id source_database_id String 源数据库id destination_database_id String 引用到项目后的数据库id destination_database_name String 引用到项目后的数据库名称 failed_reason
查询IAM用户组的用户列表 导入用户 获取用户列表 创建用户 校验token 获取指定用户详情 修改用户基本信息 删除用户 预验证 获取可用的认证方法 修改密码 新用户重置密码 更新用户角色 最终租户修改子用户 发送验证码 更新用户设置 查询用户设置 父主题： 系统管理
在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面，选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。 单击“测试链接”验证用户名或密码无误后单击“确定”，即可完成绑定（可选项）。您也可以单击操作列的“解除绑定”来解除当前的绑定。 图1 绑定CSS资源入口
生成的配置文件不建议直接修改，如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 初始化配置时，如果命令同时填写了AK/SK和密码，默认AK/SK方式登录。 初始化配置命令会在history中暴露ak、sk，建议使用set +o his
file 以HTML的格式输出易于阅读的质控报告。 bwa-mem 输入参数 fq-file1 file 测序得到的fastq1文件。 fa-file2 file 测序得到的fastq2文件。 ref-file file 参考基因组序列。 seq-platform string 测序平台，如MGI、Illumina。
删除数据库资源 功能介绍 删除数据库资源 URI DELETE /v1/{project_id}/system/database-resources/{id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。
project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 database_id 是 String 数据库实例id 最小长度：1 最大长度：128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
深度等。 低质量Reads过滤 过滤低质量的测序Reads，得到Clean Reads。 基因组比对 将Clean Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。
project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 database_id 是 String 数据库实例id 最小长度：1 最大长度：128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
息。对于已创建的数据库，可以执行删除和追加数据操作。数据库状态介绍如下： 可用：数据库正常，可以进行分子搜索使用。 等待中：数据库创建任务正在等待。 创建失败：数据库创建失败。 创建中：数据库正在创建。 追加中：数据库正在追加，此时数据库可以正常使用，搜索的数据库是正在追加过程的数据库。
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