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步骤3:预览AutoGenome案例 步骤4:使用AutoGenome 步骤1:订阅镜像 使用AutoGenome镜像前,需要您在资产市场中订阅该镜像。 在“资产市场”中查找“autogenome”镜像。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该镜像。 订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。 步骤2:创建Notebook
使用前必读 概述 调用说明 终端节点 约束与限制 基本概念
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
欢迎使用盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台是以盘古药物大模型为基础打造的一站式药研平台,助力药物研发效率提升60%+。平台提供靶点发现,苗头化合物发现,先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速,大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。全平台无需软硬件安
方式1:使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1:订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程,以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2:订阅数据 若您
流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用,并将其编排调度,形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。 图1 使用流程 服务声明
方式2:使用预置应用搭建NGS流程 将EIHealth平台预置的应用构建成流程,并运行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。
获取EVS配额及使用情况 功能介绍 获取EVS配额及使用情况 URI GET /v1/{project_id}/system/computing-resources/evs-quota 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
的API来使用服务,支持的全部API请参见API概览。 在调用医疗智能体平台API之前,请确保已经充分了解医疗智能体平台的相关概念,详细信息请参见产品介绍和用户指南。 您可以使用本文档提供的API对EIHealth平台的资源进行相关操作。 父主题: 使用前必读
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
sentational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用,调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
用户密码、分配用户权限等。由于账号是付费主体,为了确保账号安全,建议您不要直接使用账号进行日常管理工作,而是创建用户并使用创建的用户进行日常管理工作。 用户 由账号在IAM中创建的用户,是云服务的使用人员,具有身份凭证(密码和访问密钥)。 区域(Region) 从地理位置和网络时
获取当前系统配额及资源使用情况 功能介绍 获取当前系统配额及资源使用情况 URI GET /v1/{project_id}/quotas 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
约束与限制 您能创建的EIHealth资源的数量与配额有关系,具体请参见服务配额。 更详细的限制请参见具体API的说明。 父主题: 使用前必读
系统配额及资源使用情况获取 获取当前系统配额及资源使用情况 父主题: 系统管理
终端节点 终端节点(Endpoint)即调用API的请求地址,不同服务不同区域的终端节点不同,您可以从地区和终端节点中查询服务的终端节点。 医疗智能体平台的终端节点如表1所示,药物设计、临床研究的终端节点如表2所示,请您根据业务需要选择对应区域的终端节点。 表1 终端节点(医疗智能体平台API)
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令