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图12 性能加速节点信息 购买数据库 使用数据库功能前,需要先购买数据库,数据库只能购买一个。 在“数据库”页面,单击“购买数据库”。 选择“数据库规格”、“性能规格”、“磁盘加密”、“计费模式”、“购买时长”、“购买数量”。 图13 购买数据库 数据库规格:选择“标准版”。 性能规格:根据您的需求选择规格。
template_id String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径
自动作业结束时间 database_id String 自动作业依赖的数据库ID database_column String 自动作业状态更新列 database_column_type String 自动作业状态更新列的类型,不填默认为EXISTED clean_database_column
CPI预测 CPI预测基于蛋白质的一级序列和化合物的2D结构进行靶点匹配,精确的预测化合物-蛋白相互作用。 单击“CPI预测”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件。 支持3种输入方式,分别是输入氨基酸序列、选择文件、输入PDB ID 输入FASTA格式氨基酸序列,输入框最多支持
编辑应用 您可以对已经创建的应用进行编辑,修改对应参数信息。 在应用列表页面,选择需要修改的应用,单击操作列“编辑”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面,可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号,相当于新建一个应用。 父主题: 工具管理
管理作业 在“作业中心”页签,您可以查看已创建的作业。在操作列,您可以对已创建的作业执行克隆、删除操作。支持对等待中的作业进行取消操作,取消后作业不计费,运行中的作业不能取消。 删除单个作业 选择需要删除的作业,单击“操作”列“删除”即可。 图1 删除单个作业 批量删除作业 一次
import file lmx-test-01:/lmx-database/data1.txt 2021-02-01 11:11:27 Import row 2-4 of file lmx-test-01:/lmx-database/data1.txt 下载数据作业执行日志 health
基础配置:选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”,输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs | 8GB”,不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储:建议选择“超高I/O”。
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务,快速实现基因组数据分析及AI建模,提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基
新建CPI任务接口 功能介绍 输入蛋白序列、小分子库,创建分子-蛋白互作预测任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/cpi 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数
使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除,即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系,即只删除数据库记录。 命令结构 health docker rmi <project-n
参数 名称 类型 说明 ligand-smiles-to-3dsdf 输入参数 file-in file 存放配体SMILES列表的文件,第一列为SMILES,第二列为配体名称,以Tab分隔。 输出参数 dir-out directory 转换后存放配体3D sdf文件的文件,默认文件名为3d
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
"workflow" }, "database_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "database_name" : "demo-database" } ], "count" : 1 } 状态码
导入网络数据。导入网络数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示,订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN
据,创建、获取、删除、恢复归档数据,也可以对数据作业执行获取、删除、重试、取消操作。 数据库管理 您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板,创建、获取和删除数据库实例,也可以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。
配体列表可显示总条数,但最多展示1000个小分子,对接时使用全量小分子。配体来源包含:数据中心、示例数据、公共库。且公共库预置了分子数据库,包含了陶术数据库、DrugSpaceX数据库、DrugBank数据库可以进行使用,单击“公共库”,可以进行选择。 图2 选择配体文件 单击“下一步”,在对接设置页面配置相关参数。
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
如何将生物信息学软件封装为镜像并上传? 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成