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列举对象 使用ls命令查询EIHealth项目中的对象，返回的对象名称按照字典序排列。同时，该命令支持显示引用的其他项目的数据。 在使用该命令前，需要使用switch命令进入待操作的项目，才可以执行数据相关操作，使用逻辑与EIHealth平台相同。 命令结构 health ls <path>
获取系统配额信息 使用get命令获取系统配额信息。 命令结构 health get quota [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get quota
重试作业 使用retry命令重试作业。 命令结构 health retry job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 job-id 无 是 作业ID。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
查询作业详情 使用get命令查询作业的详细信息，该命令同时可以用于获取作业模板。 命令结构 health get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时，列出当前所在项目的所有作业信息。 指定job-id时，列出具体作
修改性能加速资源 修改性能加速资源节点。 命令结构 health edit performance-resource <ID> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --job-quota -j 否 修改性能加速资源作业配额。 --schedulable
获取任务信息 功能描述 获取任务相关信息，如任务日志、详情。 命令结构 health nextflow get task <task-id> --jobId <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 task-id 不涉及 否 任务id，如果不传，那么获取的是任务列表。
删除指定作业 使用delete命令删除指定作业。 命令结构 health delete job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 ID 无 是 作业ID（job-id）。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
添加项目成员角色 使用add命令将用户添加至项目，并赋予成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health add member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name 无 是 用户名称。
修改项目成员角色 使用update或edit命令修改项目成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health update member <member-name> [flags] 或 health edit member <member-name> [flags]
删除数据作业 使用delete命令删除数据作业。 命令结构 health delete data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
重试作业 功能描述 重试作业。 命令结构 health nextflow retry job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件，启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”，其他参数可选填。参数填写完成后，单击“确定”，完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用，并使用鼠标拖拽至画布中。
创建子目录 使用mkdir命令，在当前目录下创建子目录，此命令不支持在引用的项目中创建子目录。 命令结构 health mkdir <name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 无 是 子目录的名称。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。
删除指定作业 功能描述 删除指定作业 命令结构 health nextflow delete job ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 作业id 命令示例 health nextflow delete job f17a3542-3f7c-1
运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。
移除项目成员的角色 使用delete命令删除项目成员的角色，并将成员移除项目。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health delete member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name
删除计算资源节点 删除计算资源节点。 命令结构 health delete compute-resources <node id> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 node id 不涉及 是 计算节点id。 命令示例 删除计算节点 health delete compute-resources
获取任务实例 使用get命令获取任务实例相关信息，如任务实例事件、任务实例详情。 命令结构 health get task <task-name> --job-id <job-id> --instance-name <instance-name> [flags] 表1 参数说明
删除分段上传任务 使用abort命令通过分段上传任务的ID，删除指定桶中的分段上传任务；或按指定的对象名前缀批量删除分段上传任务。 命令结构 health abort <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 destdir 无 是 待删除分
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